Приложение 3. Образцы заключений

Приложение 3
к Положению об организации проведения
онкогенетических исследований
в городе Москве

Образцы заключений

Образец заключения по результатам полногеномного секвенирования ¹

Пациент:	ФИО
Пол:	женский
Дата рождения (дд.мм.гггг):	01.01.1970
Вид биоматериала:	венозная кровь
Дата получения биоматериала (дд.мм.гггг):	00.00.2021
Дата поступления биоматериала в лабораторию (дд.мм.гггг):	00.00.2021
Диагноз:
Код по МКБ-10

1. Патогенные варианты нуклеотидной последовательности (мутации), являющиеся вероятной причиной заболевания

Ген	Изменение ДНК (hg19)	HGVS	Замена аминокислоты	rs	Частота аллеля 2
BRCA1	chr17:g.41258504А>С	(NM_007300.4):c.181T>G (p.Cys61Gly)	p.Cys61Gly	rs28897672	0,00319%

2. Вероятно патогенные варианты нуклеотидной последовательности (мутации), являющиеся вероятной причиной заболевания

Ген	Изменение ДНК (hg19)	HGVS	Замена аминокислоты	rs	Частота аллеля
не выявлено

3. Варианты нуклеотидной последовательности (мутации) с неопределенной клинической значимостью

Ген	Изменение ДНК (hg19)	HGVS	Замена аминокислоты	rs	Частота аллеля
не выявлено

В случае отсутствия выявленных мутаций в п. 1-3 заключение выглядит следующим образом: Значимых вариантов нуклеотидной последовательности (мутаций), являющихся вероятной причиной заболевания, не выявлено.

Интерпретация

У Фамилия Имя Отчество был проведен поиск патогенных мутаций, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами, а также с другими наследственными заболеваниями со сходными фенотипическими проявлениями.

Выявлен ранее описанный вариант нуклеотидной последовательности гена BRCA1 (chr17:g.41258504A>C, rs28897672) в гетерозиготном состоянии, приводящий к замене аминокислоты в 61 позиции белка (p.Cys61GIy). Вариант описан как мутация, которая в гетерозиготной форме приводит к развитию наследственного опухолевого синдрома, в том числе наследственного рака молочной железы и яичника (OMIM: 114480) [1]. Частота варианта в контрольной выборке gnomAD составляет 0,0000319 (0,00319%).

Результат проверен альтернативным методом (секвенирование по Сэнгеру).

Других значимых изменений, соответствующих критериям поиска, не обнаружено.

Результаты данного исследования могут быть правильно интерпретированы только врачом-генетиком.

Рекомендована консультация врача-онколога.

Описание исследования

Анализ ДНК пациента проведен методом полногеномного секвенирования (парно-концевое/одноконцевое чтение (1-2) х (100 п.о./150 п.о./200 п.о.)), средняя глубина прочтения генома - не менее 25х. Список исследованных генов: omim.org. Для названия выявленных вариантов использовалась номенклатура, представленная на сайте http://www.hgvs.org/mutnomen версия 2.1511. Обработка данных секвенирования проведена с использованием автоматизированного алгоритма (алгоритм включает выравнивание прочтений на референсную последовательность генома человека (GRCh37/hgl9). Аннотация новых, потенциально значимых вариантов: ANNOVAR. Для оценки популяционных частот выявленных вариантов использованы выборки проекта gnomAD (Genome aggregation database). Для оценки клинической релевантности выявленных вариантов использованы база данных OMIM и литературные данные. В заключение включены только варианты, имеющие возможное отношение к клиническим проявлениям у пациента с частотой встречаемости менее 1%. Полиморфизмы, классифицированные по различным критериям как нейтральные, в заключение не включены.

Сведения о качестве исследования

Метод исследования:	полногеномное секвенирование (Whole Genome Sequencing).
Тип библиотеки:	PCR free
Средняя глубина прочтения генома после секвенирования:	не менее 25x
Количество прочитанных нуклеотидов:	не менее 75 млрд
Тип прочтения:	парно-концевое/одноконцевое
Длина прочтения:	(1-2) х (100 п.о./150 п.о./200 п.о.)
Качество выходных данных секвенирования:	1. число прочтений с качеством Q20: не менее 90% от числа прочтений, полученных в результате секвенирования;
	2. число прочтений с качеством Q30: не менее 80% от числа прочтений, полученных в результате секвенирования.

Ссылки на использованные базы данных и литературу

1. http://www.omim.org/

2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/

3. https://www.acmg.net/

4. https://gnomad.broadinstitute.org/

5. https://varsome.com/

Образец заключения по результатам секвенирования по Сэнгеру ³

Пациент:	ФИО
Пол:	женский
Дата рождения (дд.мм.гггг):	01.01.1970
Вид биоматериала:	венозная кровь
Дата получения биоматериала (дд.мм.гггг):	00.00.2021
Дата поступления биоматериала в лабораторию (дд.мм.гггг):	00.00.2021
Диагноз:	обследование
Цель обследования:	определение мутации c.181T>G (p.Cys61Gly) гена BRCA1

1. Патогенные варианты нуклеотидной последовательности (мутации), являющиеся вероятной причиной заболевания

Ген	Изменение ДНК (hg19)	HGVS	Замена аминокислоты	rs	Частота аллеля *
BRCA1	chr17:g.41258504A>C	(NM_007300.4):с.181T>G (p.Cys61Gly)	p.Cys61Gly	rs28897672	0,00319%

2. Вероятно патогенные варианты нуклеотидной последовательности (мутации), являющиеся вероятной причиной заболевания

Ген	Изменение ДНК (hg19)	HGVS	Замена аминокислоты	rs	Частота аллеля *
не выявлено

В случае отсутствия выявленных мутаций в п. 1-2 заключение выглядит следующим образом: Значимых вариантов нуклеотидной последовательности (мутаций), являющихся вероятной причиной заболевания, не выявлено (в исследуемом образце не выявлена мутация (NM_007300.4):c.181T>G (p.Cys61Gly) гена BRCA1).

Заключение.

В исследуемом образце выявлена мутация c.181T>G (p.Cys61Gly) гена BRCA1 в гетерозиготной форме.

Мутации гена BRCA1 связаны с повышенным риском развития рака молочной железы и яичника у женщин, рака простаты и молочной железы у мужчин, рака поджелудочной железы у людей обоих полов.

Рекомендовано.

Консультация врача-онколога.

Примечание.

Результат исследования не является медицинским диагнозом и не может быть единственным основанием для принятия клинических решений; интерпретация медицинской значимости данных, представленных в заключении, относится к компетенции врача.

Техническая информация.

Образец крови, направленный на исследование, соответствовал критериям для выделения ДНК и последующего достоверного молекулярно-генетического анализа герминальных мутаций. ДНК, выделенная из образца крови, по концентрации и качеству соответствовала критериям для достоверного ПЦР-анализа и последующего секвенирования методом Сэнгера.

------------------------------

¹_{по результатам научного исследования.}

²_{Частоты аллелей приведены по базе gnomAD (Genome aggregation database).}

³_{по результатам научного исследования.}