Приложение 1. Материально-техническое обеспечение

Приложение 1
к MP 4.2.0288-22

Материально-техническое обеспечение*

1. Оборудование и средства измерения:

- персональная электронно-вычислительная машина (ПЭВМ);

- бокс микробиологической безопасности II класса защиты;

- ПЦР-бокс настольный с рециркуляцией воздуха;

- микроцентрифуга для пробирок объемом 1,5 мл;

- микроцентрифуга-встряхиватель для пробирок объемом 1,5 мл, 0,5 мл и 0,2 мл;

- твердотельный термостат для пробирок объемом 1,5 мл и 0,5 мл;

- вакуумный отсасыватель медицинский с колбой-ловушкой для удаления надосадочной жидкости;

- амплификатор, адаптированный для пробирок для ПЦР объемом 0,5 мл или 0,2 мл;

- амплификатор для проведения ПЦР в режиме реального времени роторного или планшетного типа;

- камера для горизонтального электрофореза;

- источник постоянного тока;

- микроволновая печь для плавления агарозы;

- система гель-документации;

- система микрокапиллярного электрофореза;

- станция подготовки чипов для микрокапиллярного электрофореза;

- времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной десорбцией/ионизацией;

- система для очистки воды;

- система для выделения фрагментов ДНК из агарозного геля;

- система ультразвуковой обработки;

- система для проведения эмульсионной ПЦР;

- система обогащения сфер;

- система очистки микросфер;

- система геномного секвенирования с сервером для обработки данных;

- флуориметр;

- спектрофотометр;

- весы прецизионные;

- холодильник от плюс 2 до плюс 8°С с морозильной камерой не выше минус 16°С;

- набор автоматических дозаторов переменного объема на 0,5-10, 10-100, 20-200, 100-1000 мкл;

- отраслевой стандарт мутности бактериальных взвесей 42-28-85 (10 ME);

- пипетки одноразовые пластиковые стерильные, градуированные в индивидуальной упаковке на 1, 2, 5, 10 мл;

- колбы мерные в соответствии с ГОСТ 12738 100, 200, 500,1000 мл.

2. Расходные материалы:

- набор чипов для микрокапиллярного электрофореза;

- фильтры ультрамикроцентрифужные поливинилиденфторидные с размером пор 0,2 мкм;

- мишени для масс-спектрометра;

- наконечники с фильтром для механического дозатора 0,1-10 мкл, 10-100 мкл, 20-200 мкл, 100-1000 мкл;

- наконечники для механического дозатора без фильтра 0,1-10 мкл, 10-100 мкл, 20-200 мкл, 100-1000 мкл;

- штатив "рабочее место" для микропробирок на 1,5 мл, 0,5 мл, 0,2 мл;

- пробирки микроцентрифужные на 0,2 мл, на 0,5 мл, на 1,5 мл;

- петля микробиологическая стерильная одноразовая полипропиленовая, 10 мкл;

- чашки Петри стерильные для микробиологии 94х16 мм;

- ёмкость-контейнер полимерный для обеззараживания материала;

- перчатки неопудренные хирургические резиновые в соответствии с ГОСТ 3-88;

- салфетки нетканые (косметические);

- пробирки бактериологические стеклянные в соответствии с ГОСТ 1770;

- пробки целлюлозные газопроницаемые.

3. Реактивы и растворы:

- питательная среда бруцеллагар (рН 7,2-7,4);

- фосфатно-солевой буфер (рН 7,4);

- натрий хлорид (хч) в соответствии с ГОСТ 4233;

- дистиллированная вода в соответствии с ГОСТ Р 58144;

- спирт этиловый ректификованный в соответствии с ГОСТ 5962;

- дезинфицирующее средство;

- мертиолят натрия;

- набор для выделения ДНК;

- смесь дезоксинуклеотидтрифосфатов (дНТФ) 25 мМоль;

- РНК-элюент;

- полимераза для ПЦР с "горячим стартом" в комплекте со специфичным буфером;

- Taq-ДНК полимераза в комплекте со специфичным буфером;

- раствор магния хлорида 25 мМоль;

- олигонуклеотидные праймеры и зонды (последовательность олигонуклеотидов представлена в соответствующих разделах);

- ферменты быстрого гидролиза;

- маркер длин ДНК;

- набор реагентов для электрофоретической детекции в агарозном геле;

- набор реагентов для микрокапиллярного электрофореза;

- вода ультрачистая, тип I;

- кислота муравьиная ~98%-я;

- ацетонитрил степень чистоты "для ВЭЖХ-МС";

- кислота степень чистоты для масс-спектрометрии;

- трифторуксусная кислота (ТФУ) >99%;

- бактериальный тест-стандарт для внутренней калибровки масс-спектрометра;

- набор реагентов для фрагментации геномной ДНК;

- набор адаптеров для мультиплексирования;

- набор реагентов для очистки ДНК;

- набор реагентов для выделения фрагментов ДНК из агарозного геля;

- набор реагентов для определения концентрации библиотеки фрагментов ДНК;

- набор реагентов для проведения клональной амплификации;

- магнитные частицы;

- набор реагентов для секвенирования;

- набор чипов для секвенирования.

4. Программное обеспечение:

- операционная система для ПЭВМ;

- программное обеспечение для визуализации фрагментов нуклеиновых кислот в агарозном геле;

- программное обеспечение для визуализации фрагментов нуклеиновых кислот на чипе;

- программное обеспечение для построения дендрограммы;

- программное обеспечение для выравнивания последовательностей ДНК и извлечения (идентификации) однонуклеотидных полиморфизмов (SNP);

- программное обеспечение для управления масс-спектрометром;

- программное обеспечение для предварительной оценки интенсивности и разрешения пиков в спектре;

- программное обеспечение для идентификации микроорганизмов при проведении масс-спектрометрии;

- программное обеспечение для поиска и выявления аналитически значимых сигналов (биомаркеров);

- программное обеспечение для оценки качества данных секвенирования;

- программное обеспечение для фильтрации ридов;

- программное обеспечение для сборки геномов;

- программное обеспечение для картирования ридов на референсный геном;

- программное обеспечение для анализа качества сборки геномов;

- программное обеспечение для множественных выравниваний последовательностей против референсного генома.

______________________________

* Примечание. Допускается использование оборудования, средств измерений, расходных материалов, реактивов, растворов, программного обеспечения с аналогичными или лучшими характеристиками.