Приложение А (справочное). Показатели качества для конкретных примеров платформ MPS

Приложение А
(справочное)

Показатели качества для конкретных примеров платформ MPS

Для секвенирования нуклеиновых кислот, как правило, используют приведенные далее платформы MPS. Примеры показателей качества, используемые для оценки качества, представлены в таблице А.1.

Примечание - Секвенирование целого генома человека используют в качестве примера, чтобы обеспечить конкретные значения для каждого показателя качества.

Таблица А.1 - Показатели качества для конкретных платформ MPS

Наименование платформы	Формат файла исходных данных	Длина рида	Оценка качества (H/L)	GC-состав	Степень дупликации	Плотность кластеров	Степень адаптера
illumina  aHiSeq 4000	fastq.gz	От 50 до 200 bp	> Q30	От 39 % до 42 %	< 10 %	5 млрд	< 3 %
Thermo FisherProton ТМ b	DAT	От 50 до 200 bp	> Q20	От 39 % до 42 %	NA	От 60 до 80 млн	< 3 %
BGI с/MGI MGISEQ-2000	fastq.gz	От 50 до 200 bp	> Q30	От 39 % до 42 %	< 5 %	1,5 млрд	< 3 %
Oxford Nanopore PromethlON  d	FAST5	От 10 до 300 kbp	> Q20	От 39 % до 42 %	NA	2560 каналов f	< 3 %
PacBio Sequel II е	bam	От 10 до 100 kbp	> Q20	От 39 % до 42 %	NA	8 млн ZMWs g	< 3 %
a illumina  является торговой маркой биотехнологической компании illumina, Inc. Данная информация приведена для удобства пользователей настоящего стандарта и не означает одобрения указанного продукта со стороны ИСО. b Thermo Fisher Proton ТМ является торговой маркой биотехнологической компании Thermo Fisher Scientific. Данная информация приведена для удобства пользователей настоящего стандарта и не означает одобрения указанного продукта со стороны ИСО. с MGI является торговой маркой компании, занимающейся секвенированием генома BGI.