Откройте актуальную версию документа прямо сейчас
Если вы являетесь пользователем интернет-версии системы ГАРАНТ, вы можете открыть этот документ прямо сейчас или запросить по Горячей линии в системе.
Приложение Е
(справочное)
Праймеры и зонды для ПЦР-анализа
Описанный протокол ПЦР в режиме реального времени основан на использовании следующих праймеров и зондов, которые должны рассматриваться в качестве контрольных реактивов. Тем не менее, другие методы, включающие использование различных праймеров и зондов, могут быть использованы при условии, что они были признаны эквивалентными тем, которые указаны в таблицах Е.1 и Е.2 в соответствии с [17].
Е.1 Праймеры и зонды
Последовательности праймеров и зондов, представленные в таблицах Е.1 и Е.2, используют для:
- выявления генов stx и еае с помощью ПЦР в режиме реального времени (ПЦР А);
- выявления генов, которые содержат определенные серогруппы, с помощью ПЦР в режиме реального времени (ПЦР Б).
В таблицах Е.1 и Е.2 не указаны вид репортера и вид флуорофора, так как это во многом зависит от оборудования для ПЦР в режиме реального времени, используемого в каждой конкретной лаборатории.
Таблица Е.1 - Праймеры и зонды, используемые для 5'-нуклеазой ПЦР
Целевой ген |
Прямой праймер, обратный праймер и последовательность зондов (5'-3')(а) |
Размер ампликона bp |
Локализация в геноме |
Порядковый номер в базе GenBank |
stx1 |
ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY TTA CG |
131 |
878 - 906 |
М16625 |
ССС CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR ТС |
983 - 1008 |
|||
Зонд - CTG GAT GAT CTC AGT GGG CGT TCT TAT GTAA |
941 - 971 |
|||
stx2(b) |
ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY TTA CG |
128 |
785 - 813 |
Х07865 |
CCC CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR TC |
887 - 912 |
|||
Зонд - TCG TCA GGC ACT GTC TGA AAC TGC TCC |
838 - 864 |
|||
еае |
CAT TGA TCA GGA TTT TTC TGG TGA ТА |
102 |
899 - 924 |
Z11541 |
CTC ATG CGG AAA TAG CCG TTA |
1000 - 979 |
|||
Зонд - ATA GTC TCG CCA GTA TTC GCC ACC AAT ACC |
966 - 936 |
|||
(а) В последовательности Y - (С, Т), S - (С, G), W - (A, T), R - (A, G), М - (А, С). | ||||
(b) Это сочетание праймер/зонд распознает все варианты stx2, кроме stx2f. |
Таблица Е.2 - Праймеры и зонды используемые для усиления антиген-специфических генов при проведении ПЦР-анализа с использованием 5'-нуклеазы
Целевой ген (серогруппы) |
Прямой праймер, обратный праймер и последовательность зондов (5'-3') |
Размер ампликона bp |
Локализация в геноме |
Порядковый номер в базе GenBank |
rfbE (O157) [3] |
ТТТ САС ACT TAT TGG ATG GTC TCAA |
88 |
348 - 372 |
AF163329 |
CGA TGA GTT TAT CTG CAA GGT GAT |
412 - 435 |
|||
Зонд - AGG ACC GCA GAG GAA AGA GAG GAA TTA AGG |
381 - 410 |
|||
wbdl (O111) [3] |
CGA GGC AAC АСА TTA TAT AGT GCT TT |
146 |
3464 - 3489 |
AF078736 |
TTT TTG AAT AGT TAT GAA CAT CTT GTT TAGC |
3579 - 3609 |
|||
Зонд - TTG AAT CTC CCA GAT GAT CAA CAT CGT GAA |
3519 - 3548 |
|||
wzx (O26) [3] |
CGC GAC GGC AGA GAA ААТТ |
135 |
5648 - 5666 |
AF5290801 |
AGC AGG СТТ ТТА TAT TCT CCA ACT TT |
5757 - 5782 |
|||
Зонд - СС CGT ТАА АТС ААТ ACT ATT ТСА CGA GGT TGA |
5692 - 5724 |
|||
ihр1 (O145) [3] |
CGA ТАА TAT ТТА ССС САС CAG TAC AG |
132 |
1383 - 1408 |
AF531429 |
CC GCC GCA ATG CTT |
1500 - 1514 |
|||
Зонд - CCG CCA TTC AGA ATG САС АСА ATA TCG |
1472 - 1498 |
|||
wzx (O103) [4] |
CAA GGT GAT TAC GAA AAT GCA TGT |
99 |
4299 - 4323 |
AY532664 |
GAA AAA AGC ACC CCC GTA CTT AT |
4397 - 4375 |
|||
Зонд - AT AGC CTG TTG TTT TAT |
4356 - 4373 |
Если вы являетесь пользователем интернет-версии системы ГАРАНТ, вы можете открыть этот документ прямо сейчас или запросить по Горячей линии в системе.