Приложение Е (справочное). Праймеры и зонды для ПЦР-анализа

Приложение Е
(справочное)

Праймеры и зонды для ПЦР-анализа

Описанный протокол ПЦР в режиме реального времени основан на использовании следующих праймеров и зондов, которые должны рассматриваться в качестве контрольных реактивов. Тем не менее, другие методы, включающие использование различных праймеров и зондов, могут быть использованы при условии, что они были признаны эквивалентными тем, которые указаны в таблицах Е.1 и Е.2 в соответствии с [17].

Е.1 Праймеры и зонды

Последовательности праймеров и зондов, представленные в таблицах Е.1 и Е.2, используют для:

- выявления генов stx и еае с помощью ПЦР в режиме реального времени (ПЦР А);

- выявления генов, которые содержат определенные серогруппы, с помощью ПЦР в режиме реального времени (ПЦР Б).

В таблицах Е.1 и Е.2 не указаны вид репортера и вид флуорофора, так как это во многом зависит от оборудования для ПЦР в режиме реального времени, используемого в каждой конкретной лаборатории.

Таблица Е.1 - Праймеры и зонды, используемые для 5'-нуклеазой ПЦР

Целевой ген	Прямой праймер, обратный праймер и последовательность зондов (5'-3')(а)	Размер ампликона bp	Локализация в геноме	Порядковый номер в базе GenBank
stx1 [3]	ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY TTA CG	131	878 - 906	М16625
	ССС CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR ТС		983 - 1008
	Зонд - CTG GAT GAT CTC AGT GGG CGT TCT TAT GTAA		941 - 971
stx2(b) [3]	ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY TTA CG	128	785 - 813	Х07865
	CCC CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR TC		887 - 912
	Зонд - TCG TCA GGC ACT GTC TGA AAC TGC TCC		838 - 864
еае [2]	CAT TGA TCA GGA TTT TTC TGG TGA ТА	102	899 - 924	Z11541
	CTC ATG CGG AAA TAG CCG TTA		1000 - 979
	Зонд - ATA GTC TCG CCA GTA TTC GCC ACC AAT ACC		966 - 936
(а) В последовательности Y - (С, Т), S - (С, G), W - (A, T), R - (A, G), М - (А, С).
(b) Это сочетание праймер/зонд распознает все варианты stx2, кроме stx2f.

Таблица Е.2 - Праймеры и зонды используемые для усиления антиген-специфических генов при проведении ПЦР-анализа с использованием 5'-нуклеазы

Целевой ген (серогруппы)

Прямой праймер, обратный праймер и последовательность зондов (