Приложение 1. Определяемые генетические элементы

Приложение 1

Определяемые генетические элементы

Таблица 1

Определяемые трансформационные события

Трансформационное событие	Мишень	Праймеры, зонды*
1	2	3
Кукуруза
176**	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 82 п.н.	PRF: GGCCGTGAACGAGCTGTT PRR: GGGAAGAAGCCTACATGTTTTCTAA PR: FAM-AGCAACCAGATCGGCCGACACC-BHQ1
3272	5'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 95 п.н.	PRF: TCATCAGACCAGATTCTCTTTTATGG PRR: CGTTTCCCGCCTTCAGTTTA PR: FAM-ACTGCTGACGCGGCCAAACACTG-BHQ1
5307	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 107 п.н.	PRF: CATGGCCGTATCCGCAATGTG PRR: TGCACCCTTTGCCAGTGG PR: FAM-ACCACAATATACCCTCTTCCCTGGGCCAG-BHQ1
Bt11	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 70 п.н.	PRF: GCGGAACCCCTATTTGTTTA PRR: TCCAAGAATCCCTCCATGAG PR: ROX-AAATACATTCAAATATGTATCCGCTCA-BHQ2
GA21	5'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 112 п.н.	PRF: CTTATCGTTATGCTATTTGCAACTTTAGA PRR: TGGCTCGCGATCCTCCT PR: ROX-CATATACTAACTCATATCTCTTrCTCAACAGCAGGTGGGT-BHQ2
MIR162	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 92 п.н.	PRF: GCGCGGTGTCATCTATGTTACTAG IPRR: TGCCTTATCTGTTGCCTTCAGA PR: FAM-TCTAGACAATTCAGTACATTAAAAACGTCCGCCA-BHQ1
MIR604	5'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 76 п.н.	PRF: GCGCACGCAATTCAACAG PRR: GGTCATAACGTGACTCCCTTAATTCT PR:ROX-AGGCGGGAAACGACAATCTGATCATG-BHQ2
MON810	5'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 92 п.н.	PRF: TCGAAGGACGAAGGACTCTAACGT PRR: GCCACCTTCCTTTTCCACTATCTT PR: FAM-AACATCCTTTGCCATTGCCCAGC-BHQ1
MON863	5'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона; 84 п.н.	PRF: TGTTACGGCCTAAATGCTGAACT PRR: GTAGGATCGGAAAGCTTGGTAC PR: ROX-TGAACACCCATCCGAACAAGTAGGGTCA-BHQ2
MON88017	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 94 п.н.	PRF: GAGCAGGACCTGCAGAAGCT PRR: TCCGGAGTTGACCATCCA PR:ROX-TCCCGCCTTCAGTTTAAACAGAGTCGGGT-BHQ2
MON89034	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 77 п.н.	PRF: TTCTCCATATTGACCATCATACTCATT PRR: CGGTATCTATAATACCGTGGTTTTTAAA PR: FAM-ATCCCCGGAAATTATGTT-MGBNFQ
MZHG0JG	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 153 п.н.	PRF: TTAGCTAACGGCCAGGATC PRR: CACCGTGACATGCTTAGCA PR: FAM-CGCGTGAGCCTTTAGCAACTAGC-BHQ1
NK603	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 108 п.н.	PRF: ATGAATGACCTCGAGTAAGCTTGTTAA PRR: AAGAGATAACAGGATCCACTCAAACACT PR: ROX-TGGTACCACGCGACACACTTCCACTC-BHQ2
T25	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы, Длина ампликона: 102 п.н.	PRF: ACAAGCGTGTCGTGCTCCAC PRR: GACATGATACTCCTTCCACCG PR: ROX-TCATTGAGTCGTTCCGCCATTGTCG-BHQ2
ТС1507	3'-пограничный участок между вставкой и геномом кукурузы. Длина ампликона: 58 п.н.	PRF: TAGTCTTCGGCCAGAATGG PRR: CTTTGCCAAGATCAAGCG PR: FAM-TAACTCAAGGCCCTCACTCCG-BHQ1
Рапс
GT73** (RT73)	3'-пограничный участок между вставкой и геномом рапса. Длина ампликона: 108 п.н.	PRF; CCATATTGACCATCATACTCATTGCT PRR: GCTTATACGAAGGCAAGAAAAGGA PR: FAM-TTCCCGGACATGAAGATCATCCTCCTT-BHQ1
Рис
LLRICE62	3'-пограничный участок между вставкой и геномом риса. Длина ампликона: 88 п.н.	PRF: AGCTGGCGTAATAGCGAAGAGG PRR: TGCTAACGGGTGCATCGTCTA PR: FAM-CGCACCGATTATTTATACTTTTAGTCCACCT-BHQ1
Сахарная свекла
Н7-1	5'-пограничный участок между вставкой и геномом сахарной свеклы. Длина ампликона: 108 п.н.	PRF: TGGGATCTGGGTGGCTCTAACT PRR: AATGCTGCTAAATCCTGAG PR: FAM-AAGGCGGGAAACGACAATCT-BHQ1
Соя
А2704-12	Участок, содержащий инвертированные 3'- и 5'-последовательности гена bla, Длина ампликона: 64 п.н.	PRF: GCAAAAAAGCGGTTAGCTCCT PRR: ATTCAGGCTGCGCAACTGTT PR: ROX-GGAAGGGCGATCGGAGGACCG-BHQ2
А5547-127	5'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 71 п.н.	PRF: CTATTTGGTGGCATTTTTCC PRR: TGCGGCCAACTTACTTC PR: FAM-ACAACGATGACGGTATGACATTGCGG-BHQ1
BPS CV-127-9	3'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 88 п.н.	PRF: AACAGAAGTTTCCGTTGAGCTTTAAGAC PRR: CATTCGTAGCTCGGATCGTGTAC PR: FAM-TTTGGGGAAGCTGTCCCATGCCC-BHQ1
DР305423-1**	3'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 93 п.н.	PRF: CGTGTTCTCTTTTTGGCTAGC PRR: GTGACCAATGAATACATAACACAAACTA PR: FAM-TGACACAAATGATTTTCATACAAAAGTCGAGA-BHQ1
FG72	3'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 70 п.н.	PRF: AGATTTGATCGGGCTGCAGG PRR: GCACGTATTGATGACCGCATTA PR:FAM-AATGTGGTTCATCCGTCTT-MGBNFQ
GTS 40-3-2	5'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 84 п.н.	PRF:TTCATTCAAAATAAGATCATACATACAGGTT PRR: GGCATTTGTAGGAGCCACCTT PR: MGB-FAM-CTTTTCCATTTGGG-MGBNFQ
MON87701	5'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 89 п.н.	PRF: TGGTGATATGAAGATACATGCTTAGCAT PRR: CGTTTCCCGCCTTCAGTTTAAA PR: FAM-TCAGTGTTTGACACACACACTAAGCGTGCC-BHQ1
MON89788	5'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 139 п.н.	PRF: TCCCGCTCTAGCGCTTCAAT PRR: TCGAGCAGGACCTGCAGAA PR: ROX-CTGAAGGCGGGAAACGACAATCTG-BHQ2
SYHT0H2	3'-пограничный участок между вставкой и геномом сои. Длина ампликона: 88 п.н.	PRF: GGGAATTGGGTACCATGCC PRR: TGTGTGCCATTGGTTTAGGGT PR: ROX-CCAGCATGGCCGTATCCGCAA-BHQ2
* PRF - прямой праймер, PRR - обратный праймер, PR - ДНК-зонд. ** Трансформационное событие не зарегистрировано на территории Таможенного союза

Таблица 2

Определяемые генетические элементы

Генетический элемент	Мишень	Праймеры, зонды
1	2	3
Промоторы
p35S	Участок промотора 35S вируса мозаики цветной капусты. Длина ампликона: 102 п.н.	PRF: TCGTTGAAGATGCCTCTGC PRR: CTTGCTTTGAAGACGTGGTT PR: FАМ-СAAAGATGGACCCCCАСССAC-BHQ1
pFMV	Участок промотора 35S вируса мозаики норичника. Длина ампликона: 78 п.н.	PRF: CAAAATAACGTGGAAAAGAGCT PRR: TCTTTTGTGGTCGTCACTGC PR:ROX-CTGACAGCCCACTCACTAATGC-BHQ2
pNOS	Участок промотора нопалинейнтазы из Agrobacterium tumifaciens. Длина ампликона: 79 п.н.	PRF: GTGACCTTAGGCGACTTTTGAAC PRR: CGCGGGTTTCTGGAGTTTAA PR:FAM-CGCAATAATGGTTTCTGACGTATGTGCTTAGC-BHQ1
pRice_actin*	Участок промотора актина 1 из Oryza sativa. Длина ампликона: 95 п.н.	PRF: TCGAGGTCATTCATATGCTTGAG PRR: TTTTAACTGATGTTTTCACTTTTGACC PR: FAM-AGAGAGTCGGGATAGTCCAAAATAAAACAAAGGTA-BHQ1
pSSuAra	Участок промотора малой субъединицы рибулозобифосфат-карбоксилазы (RuBisCO) из Arabidopsis thaliana. Длина ампликона: 95 п.н.	PRF: GGCCTAAGGAGAGGTGTTGAGA PRR: CTCATAGATAACGATAAGATTCATGGAATT PR: FAM-CCTTATCGGCTTGAACCGCTGGAATAA-BHQ1
pTA29	Участок промотора ТА29 из Nicotiana tabacum. Длина ампликона: 117 п.н.	PRF: GAAGCTGTGCTAGAGAAGATGTTTATTC PRR: GCTCGAAGTATGCACATTTAGCAA PR: FAM-AGTCCAGCCACCCACCTTATGCAAGTC-BHQ1
pUbiZMl**	Участок промотора убиквитина из Zea mays. Длина ампликона: 76 п.н.	PRF: GAGTAGATAATGCCAGCCTGTTAAAC PRR: ACGCGACGCTGCTGGTT PR: FAM-CGTCGACGAGTCTAACGGACACCAAC-BHQ1
Терминаторы
t35S	Участок терминатора 35S вируса мозаики цветной капусты. Длина ампликона; 118 п.н.	PRF: AGGGTTTCTTATATGCTCAACACATG PRR: TCACCAGTCTCTCTCTACAAATCTATCAC PR: ROX-AAACCCTATAAGAACCCTAATTCCCTTATCTGGGA-BHQ2
tE9***	Участок терминатора малой субъединицы рибулозобифосфат-карбоксилазы из Pisum sativum. Длина ампликона: 87 п.н.	PRF: TGAGAATGAACAAAAGGACCATATCA PRR: TTTTTATTCGGTTTTCGCTATCG PR: ROX-TCATTААСТСTTCTCCATCCATTTCCATTTCACAGT-BHQ2
tg7	Участок терминатора g7 из Agrobacteriam tumefaciens. Длина ампликона: 97 п.н.	PRF: ATGCAAGTTTAAATTCAGAAATATTTCAA PRR: ATGTATTACACATAATATCGCACTCAGTCT PR: ROX-ACTGATTATATCAGCTGGTACATTGCCGTAGATGA-BHQ2
tNOS	Участок терминатора нопалин-синтазы из Agrobacterium tumefaciens, Длина ампликона: 98 п.н.	PRF: ATGCTTAACGTAATTCAACAGA PRR: ATCGTTCAAACATTTGGCAAT PR: FAM-ATCGCAAGACCGGCAACAGGATTC-BHQ1
tOCS	Участок терминатора октопин-синтазы из Agrobacterium tumefaciens. Длина ампликона: 85 п.н.	PRF: CGGTCAAACCTAAAAGACTGATTACA PRR: CGCTCGGTGTCGTAGATACT PR: ROX-TCTTATTCAAATTTCAAAAGTGCCCCAGGG-BHQ2
* Результат определения данного генетического элемента не учитывается, если в образце содержится ДНК риса (определен маркер видовой принадлежности риса). ** Результат определения данного генетического элемента не учитывается, если в образце содержится ДНК кукурузы (определен маркер видовой принадлежности кукурузы). *** Результат определения данного генетического элемента не учитывается, если достоверно известно, что в образце содержится ткань гороха {Pisum sativum)

Таблица 3

Определяемые гены

Наименование гена	Мишень	Праймеры, зонды
1	2	3
Смысловые гены
bar	Участок гена фосфинотрицин N-ацетилтрансферазы из Streptomyces hydroscopicus. Длина ампликона: 60 п.н.	PRF: ACAAGCACGGTCAACTTCC PRR: GAGGTCGTCCGTCCACTC PR: FAM-TACCGAGCCGCAGGAACC-BHQ1
ср4 epsps	Участок гена 5-енолпирувилшикимат-3-фосфат-синтазы из Agrobacterium tumefaciens. Длина ампликона: 226 п.н.	PRF: GCATGCTTCACGGTGCAA PRR1: TGAAGGACCTGTGGGAGAT PRR2: TGAAGGACCGGTGGGAGAT PR: FAM-CGCAACCGCCCGCAAATC-BHQ1
mepsps*	Участок модифицированного гена 5-енолпирувил-шикимат-3-фосфатсинтазы из Zea mays, Длина ампликона: 112 п.н.	PRF: GTCGAAGCGGACAAAGCTG PRR: CTGGGGGATCCACTAGTTCT PR:ROX-CTGTAGTTGTTGGCTGTGGTGGAA-BHQ2
cry1А.105	Участок гена дельта-эндотоксина cry 1 А. 105 из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 133 п.н.	PRF: TCAGAGGTCCAGGGTTTACAGG PRR: GTAGTAGAGGCATAGCGGATTCTTG PR: FAM-TCCACTTGTGCGACGAAGAATGTCT-BHQ1 ;
cry1Ab	Участок гена дельта-эндотоксина cry 1 Аb 1 из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 77 п.н.	PRF: CAGTTCCTGCTSAGCGAGTT PRR: CCRAAGATGCCCCAGATG PR: FAM-ATGTCCACSAGGCCCAGSACG-BHQ1
cry1Ac	Участок гена дельта-эндотоксина cry 1 Ас из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 137 п.н.	PRF: TACTTGGTGGAGAACGCATT PRR: AAAGATACCCCAGATGATGTCA PR: FAM-CACCTGGCACGAACTCGCTGAG-BHQ1
cry1F	Участок гена дельта-эндотоксина cry IF из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 245 п.н.	PRF: CATCTGATTGGAGCCTCTTTCTT PRR: GGTAAGGGTGAAGTTGTTGATGG PR: FAM-CGCACATCTTCTCTCAGTTGGGCA-BHQ1
cry2Ab	Участок гена дельта-эндотоксина сгу 2Аb из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 120 п.н.	PRF: TTCTAACTACTTCCCCGACTACTTC PRR: GACGGAGAGGCGATGTTC PR: ROX-TCTCTGGTGTTCCTCTCGTCGTCCGCA-BHQ2
cry3A	Участок гена дельта-эндотоксина cry 3A из Bacillus thuringiensis, Длина ампликона: 147 п.н.	PRF: CGACAGTTCTACCACTAAGGAT PRR: TTTGTATAGAAGCTCACGAGGG PR: FAM-CCAGAAGGGTATCTCCGTTGTG-BHQ1
cry3А	Участок модифицированного гена дельта-эндотоксина cry 3A из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 154 п.н.	PRF: AACAACACCGAGGCCCTG PRR: CAGCAGCACCACCAAGGACG PR: FAM-CACCACGCTGATGCCCT-BHQ1
cry34Abl	Участок гена дельта-эндотоксина cry34Abl из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 167 п.н.	PRF: CAAGACCAAGCTCGACGG PRR: GGTTGTCGAAGTAGAGGCTGAT PR: ROX-CGCACCTCCCCGACCAAC-BHQ2
cry35Abl	Участок гена дельта-эндотоксина cry 35Abl из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 78 п/н.	PRF: CCATGCTCGACACCAACAA PRR: CGAGGGAGAGGTAGGTGGC PR:ROX-TGTACGAGATCAGCAACCACGCC-BHQ2
cry3Bbl	Участок гена дельта-эндотоксина cry 3Bbl из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 89 п.н.	PRF: GAGCACGACACGATCAAGGT PRR: AGGGTGGAGTTGGGGTTGT PR:FAM-CAGCGGGTACTGGTTGTGGTTG-BHQ1
cry9c	Участок гена дельта-эндотоксина cry 9с из Bacillus thuringiensis. Длина ампликона: 198 п.н.	PRF: CTGCTGCTGCTGAAGGATGC PRR: CCTGCGGAACTGGTGGTAG PR: ROX-CGGCGAGGGCTGGGGCTT-BHQ2
gox/gox v247	Участок гена глифосатоксидазы из Ochrobactrum anthropi. Длина ампликона: 99 п.н.	PRF: ATGCTAGCCACCTTATCCG PRR: TGAGACGACGAAGTTCCCA PR: ROX-TCACCTTACCGTGTACCGTGGA-BHQ2
pat	Участок гена фосфинотрицин N-ацетилтрансферазы из Streptomyces viridochromogenes. Длина ампликона: 68 п.н.	PRF: TTGAGGGTGTTGTGGCTGGTA PRR: TGTCCAATCGTAAGCGTTCCT PR: ROX-CTTCCAGGGCCCAGCGTAAGCA-BHQ2
Маркерные гены
bla	Участок гена бета-лактамазы из Escherichia coli. Длина ампликона: 85 п.н.	PRF: CGTTTGGTATGGCTTCATTCA PRR: CTAACCGCTTTTTTGCACAAC PR: FAM-CCGGTTCCCAACGATCAAGG-BHQ1
GUS	Участок гена бета-глюкуронидазы из Escherichia coli. Длина ампликона: 82 п.н.	PRF: TTTCTTTAACTATGCCG~GAATCCATC PRR: CACCACGGTGATATCGTCCAC PR: FAM-AATGCTCTACACCACGCCGAACACCTG-BHQ1
nptll	Участок гена неомицин-фосфотрансферазы II из Escherichia coli. Длина ампликона: 210 п.н.	PRF: TCACCTTGCTCCTGCC PRR: CCCCTGATGCTCTTCG PR: ROX-ATGCAATGCGGCGGCTG-BHQ2
Видоспецифичные гены
Ген УГФ-глюкозопирофосфорилазы (UGPase) картофеля (Soianum tuberosum)	Участок гена UGPase. Длина ампликона: 89 п.н.	PRF: GGACATGTGAAGAGACGGAGC PRR: CCTACCTCTACCCCTCCTA PR: ROX-TGAGGAGGTGCGAGGTAATGGTGGTAG-BHQ2
Ген зеина кукурузы (Zea mays)	Участок гена zein. Длина ампликона: 82 п.н.	PRF: TTACCGCTTCAGACGATGCC PRR: CATTATTTGCGACACATGCTC PR: FAM-TGACGCCTAACATGATGTCACCA-BHQ1
Ген десатуразы стероилацилнесущего белка (SAD) льна (Linum L.)	Участок гена SAD. Длина ампликона: 68 п.н.	PRF: GCTCCACCCAGTCACCACCT PRR: TGCGAGGAGATCTGGAGGAG PR: ROX-TGTTGAGGGAGCGTGTTGAAGGGA-BHQ2
Ген альфа-тубулина пыльцы (TUB1) подсолнечника (Helianthus annuus)	Участок гена TUB 1. Длина ампликона: 128 п.н.	PRF: CGTAGCATATCGTTTCACCG PRR: TCAAGGCAATAGAGATTCCCAA PR: ROX-AGGAAAAATGAGAGAAATCGTAAGCA-BHQ2
Ген AI-устойчивого белка (ALMT1) пшеницы (Triticum L.)	Участок гена ALMT1. Длина ампликона: 95 п.н.	PRF: AATGACTGTGCCGTCTCCAGT PRR: ACAGAGCCGTGTTCTCTGCA PR: ROX-CGTGAAAGCAGCGGAAAGCCTCAGA-BHQ2
Ген круциферина А (cruA) рапса (Brassica napus)	Участок гена cruA. Длина ампликона: 101 п.н.	PRF: GGCCAGGGTTTCCGTGAT PRR: CCGTCGTTGTAGAACCATTGG PR: FAM-AGTCCTTATGTGCTCCACTTTCTGGTGCA-BHQ1
Ген фосфолипазы С (PLD) риса (Oryza sativa)	Участок гена PLD, Длина ампликона: 68 п.н.	PRF: TGGTGAGCGTTTTGCAGTCT PRR: CTGATCCACTAGCAGGAGGTCC PR: ROX-TGTTGTGCTGCCAATGTGGCCTG-BHQ2
Ген глутаминсинтетазы (GS2) свеклы (Beta vulgaris)	Участок гена GS2. Длина ампликона: 118 п.н.	PRF: GACCTCCATATTACTGAAAGGAAG PRR: GAGTAATTGCTCCATCCTGTTCA PR:ROX-CTACGAAGTTTAAAGTATGTGCCGCTC-BHQ2
Ген лектина сои (Glycine max)	Участок гена lei. Длина ампликона: 74 п.н.	PRF: CCAGCTTCGCCGCTTCCTTC PRR: GAAGGCAAGCCCATCTGCAAGCC PR: ROX-CTTCACCTTCTATGCCCCTGACAC-BHQ2
Ген белка пыльцы (LAT52) томата {Solarium lycopersicum)	Участок гена LAT52. Длина ампликона: 89 п.н.	PRF: GACCACGAGAACGATATTTGC PRR: CTTGCCTTTTCATATCCAGACA PR: FAM-CTTTGCAGTCCTCCCTTGGGCT-BHQ1
Ген алкогольдегидрогеназы С (AdhC) хлопчатника (Gossypium hirsutum)	Участок гена AdhC. Длина ампликона: 73 п.н.	PRF: CACATGACTTAGCCCATCTTTGC PRR: CCCACCCTTTTTTGGTTTAGC PR: FAM-TGCAGGTTTTGGTGCCACTGTGAATG-BHQ1
Ген актина (ACT) цикория (Cichorium L.)	Участок гена ACT. Длина ампликона: 97 п.н.	PRF: GCCAAATCCAGCTCATCAGT PRR: CCTGTCCGTCGGGTAATTC PR: FAM-ACGAATTACCCGACGGACAGG-BHQ1
* Результат определения данного генетического элемента не учитывается, если в образце содержится ДНК кукурузы (определен маркер видовой принадлежности кукурузы