Если налоговый орган предложил доплатить в бюджет сумму НДС, которую не принял как вычет...

По НК РФ налогоплательщик вправе уменьшить общую сумму НДС, которая исчислена к уплате в бюджет, на установленные вычеты.

Относительно применения данных вычетов суд округа указал следующее.

Непринятие налоговым органом сумм заявленных вычетов само по себе не может привести к образованию недоимки на те же суммы.

Соответственно, такие суммы не могут быть квалифицированы в качестве налога, не уплаченного (не полностью перечисленного) в бюджет.

Следовательно, предложение налогоплательщику в таком случае уплатить в бюджет вычеты (как недоимку) противоречит НК РФ, принципам налогового права и фактически является требованием повторной уплаты в бюджет суммы налога, уже уплаченной поставщикам в составе цены за товары (работы, услуги).