Постановление Федерального арбитражного суда Поволжского округа от 29 июля 2014 г. N Ф06-12951/13 по делу N А72-6211/2013

г. Казань

29 июля 2014 г.

Дело N А72-6211/2013

Резолютивная часть постановления объявлена 22 июля 2014 года.

Полный текст постановления изготовлен 29 июля 2014 года.

Федеральный арбитражный суд Поволжского округа в составе:

председательствующего судьи Мухаметшина Р.Р.,

судей Гариповой Ф.Г., Логинова О.В.,

при участии представителей:

заявителя - Ивановой Т.В. (доверенность от 21.07.2014), Александрова М.А. (доверенность от 09.01.2014), Кочетковой С.А. (доверенность от 09.01.2014), Сербина В.А. (доверенность от 07.04.2014), Степанова Е.Ю. (доверенность от 07.04.2014),

ответчика - Гайнутдинова А.И. (доверенность от 31.12.2013), Сафроновой Ю.В. (доверенность от 31.12.2013), Яковлевой С.Г. (доверенность от 31.12.2013),

рассмотрев в открытом судебном заседании кассационные жалобы федерального научно-производственного центра открытого акционерного общества "Научно-производственное объединение "Марс", г. Ульяновск, и Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области

на решение Арбитражного суда Ульяновской области от 21.01.2014 (судья Каргина Е.Е.), дополнительное решение Арбитражного суда Ульяновской области от 12.02.2014 (судья Каргина Е.Е.) и постановление Одиннадцатого арбитражного апелляционного суда от 14.04.2014 (председательствующий судья Филиппова Е.Г., судьи Драгоценнова И.С., Юдкин А.А.)

по делу N А72-6211/2013

по заявлениям федерального научно-производственного центра открытого акционерного общества "Научно-производственное объединение "Марс", г. Ульяновск (ИНН 7303026811, ОГРН 1067328003027) о признании недействительными решений Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области от 11.04.2013 N 285, 286, 287, от 12.08.2013 N 753, от 30.09.2013 N 297 и от 08.02.2013 N 2 в части,

УСТАНОВИЛ:

Федеральный научно-производственный центр открытое акционерное общество "Научно-производственное объединение "Марс", г. Ульяновск (далее - ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС", заявитель, налогоплательщик) обратилось в Арбитражный суд Ульяновской области с заявлениями о признании недействительными решений Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области (далее - Межрайонная ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области, инспекция, налоговый орган) от 11.04.2013 N 285, 286, 287, от 12.08.2013 N 753, от 30.09.2013 N 297 (дела N А72-7443/2013, N А72-14130/2013, N А72-16946/2013), а также от 08.02.2013 N 2 в части доначисления налога на прибыль за 2011 год в сумме 15 414 185 рублей, налога на имущество организаций за 2010-2011 годы в сумме 9 602 741 рубля, начисления пеней по налогу на прибыль за 2011 год в сумме 1 399 668 рублей 42 копеек, пеней по налогу на имущество за 2010-2011 годы в сумме 103 458 рублей 52 копеек, начисления штрафных санкций по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации по налогу на прибыль за 2011 год в размере 2 213 138 рублей, штрафных санкций по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации по налогу на имущество организаций за 2010-2011 годы в размере 940 532 рублей (дело N А72-6211/2013).

Указанные заявления на основании статьи 130 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации объединены в одно производство для совместного рассмотрения с присвоением объединенному делу номера А72-6211/2013.

Решением Арбитражного суда Ульяновской области от 21.01.2014 по заявлениям ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" признаны недействительными решения Межрайонной ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области от 11.04.2013 N 285, 286, 287, от 12.08.2013 N 753, от 30.09.2013 N 297, а также от 08.02.2013 N 2 в части доначисления налога на прибыль за 2011 год в сумме 15 414 185 рублей, налога на имущество организаций за 2010-2011 годы в сумме 9 602 741 рубля, начисления пеней по налогу на прибыль за 2011 год в сумме 1 399 668 рублей 42 копеек, пеней по налогу на имущество за 2010-2011 годы в сумме 103 458 рублей 52 копеек, начисления штрафных санкций по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации по налогу на прибыль за 2011 год в размере 2 213 138 рублей, штрафных санкций по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации по налогу на имущество организаций за 2010-2011 годы в размере 940 532 рублей.

Дополнительным решением Арбитражного суда Ульяновской области от 12.02.2014 заявление ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" о признании недействительным решения Межрайонной ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области от 08.02.2013 N 2 по эпизоду, связанному с привлечением к налоговой ответственности, предусмотренной пунктом 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации, в виде штрафа в размере 1 421 790 рублей в связи с представлением в инспекцию в период проведения выездной налоговой проверки уточненной налоговой декларации с суммой доплаты - 14 217 904 рубля (номер корректировки 1, регистрационный номер 712087) за 2011 год от 26.10.2012, оставлено без рассмотрения.

Постановлением Одиннадцатого арбитражного апелляционного суда от 14.04.2014 вышеуказанные решения суда первой инстанции оставлены без изменения.

В кассационной жалобе ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" с принятыми по делу дополнительным решением суда первой инстанции от 12.02.2014 и постановлением суда апелляционной инстанции от 14.04.2014 в части оставления без изменения дополнительного решения не согласилось, просит их отменить и направить дело на новое рассмотрение в указанной части в суд первой инстанции. При этом заявитель полагает, что судами неправильно применены нормы материального права, поскольку, как считает налогоплательщик, им выполнены требования об обжаловании решения налогового органа по итогам выездной налоговой проверки, в том числе, и в отношении применения штрафных санкций по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации в связи с представлением уточненных налоговых деклараций по налогу на прибыль за 2011 год.

Межрайонная ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области в своей кассационной жалобе не согласна с решением суда первой инстанции от 21.01.2014 и постановлением апелляционного суда от 14.04.2014 в части удовлетворения требований, просит их отменить и принять новый судебный акт об отказе в удовлетворении требований заявителя. Инспекция считает, что ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" не имело права применять льготу по пункту 15 статьи 381 Налогового кодекса Российской Федерации, так как налогоплательщик не подтвердил факт осуществления научно-технической деятельности и фактическое соответствие статусу государственного научного центра.

В отзыве на кассационную жалобу налогового органа заявитель не согласился с доводами инспекции и просит оставить без изменения обжалованные ею решение суда первой инстанции от 21.01.2014 и постановление апелляционного суда от 14.04.2014 в части оставления указанного решения без изменения.

В отзыве на кассационную жалобу заявителя налоговый орган возражает против доводов налогоплательщика и просит оставить без изменения дополнительное решение суда первой инстанции от 12.02.2014 и постановление суда апелляционной инстанции от 14.04.2014 в части оставления без изменения дополнительного решения.

Федеральный арбитражный суд Поволжского округа, проверив правильность применения судами норм материального и процессуального права, не находит оснований для отмены либо изменения обжалованных судебных актов исходя из следующего.

Как следует из материалов дела, Межрайонной ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области проведена выездная налоговая проверка ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты (удержания, перечисления) налогов и сборов: налога на прибыль организаций, налога на добавленную стоимость, налога на имущество организаций, транспортного налога, земельного налога, водного налога, налога на доходы физических лиц, полноты представления справок о доходах физических лиц (форма 2-НДФЛ) за период с 01.01.2010 по 31.12.2011. Инспекцией составлен акт от 25.12.2012 N 16-07-21/0342дсп.

По результатам рассмотрения материалов проверки и возражений налогоплательщика налоговым органом принято решение от 08.02.2013 N 2 о привлечении заявителя к ответственности по пункту 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ), за неуплату налога на прибыль организаций за 2011 год в сумме 15 414 185 руб., налога на имущество организаций за 2010-2011 годы в сумме 9 602 741 руб.

Кроме того, по результатам проведенных камеральных налоговых проверок деятельности заявителя в 2012 году, в 1 квартале 2013 года инспекцией в решениях от 11.04.2013 N 285, 286, 287, от 12.08.2013 N 753, от 30.09.2013 N 297 зафиксированы факты занижения налога на имущество организаций вследствие неправомерного, по мнению налогового органа, применения льготы по налогу на имущество.

Данные решения инспекции обжаловались заявителем в порядке, предусмотренном статьей 139 НК РФ и в части оспариваемых начислений оставлены вышестоящим налоговым органом без изменения.

По итогам выездной налоговой проверки за 2010 год в пункте 1.1 оспариваемого решения от 08.02.2013 N 2 налоговый орган указал на факт занижения суммы прямых расходов, приходящихся на реализованную продукцию, на 2 548 054,38 руб. В акте проверки от 25.12.2012 N 16-07-21/0342дсп соответствующие нарушения отражены в разделах "Расходы, связанные с производством и реализацией" (п. 2.1.1.2 акта), а также "Исчисление налога на прибыль" (п. 2.1.1.5 акта).

Как указывается в данном акте, при исчислении превышения суммы прямых расходов, приходящейся на остатки незавершенного производства, учитываемого при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль, налогоплательщик допустил следующие нарушения:

- при составлении расчета доли прямых расходов налогоплательщик неправомерно завысил сумму прямых расходов, подлежащих распределению, (строка 2 расчета) на 14 685 194,31 руб.;

- неправомерно занизил объемы произведенной (выпущенной) продукции на 182 304 038,07 руб.

Завышение суммы прямых расходов, по мнению инспекции, произошло в связи с тем, что стоимость основных средств в сумме 14 500 757,89 руб. (изготовленных в рамках заказа 955 и списанных в дебет счета 08/4 в феврале 2010 года), а также стоимость отходов цветных металлов в сумме 184 436,42 руб., списанных в дебет счета 10/9 в том же периоде, были дважды учтены в целях уменьшения налогооблагаемой базы по налогу на прибыль: в первый раз по расчету доли прямых расходов, когда налогоплательщик неправомерно списал их на стоимость произведенной и реализованной продукции, и второй раз в момент передачи материалов на производство и через амортизационные начисления по основному средству.

Налогоплательщик представил свои возражения, указав, что налоговый орган неправомерно уменьшил величину прямых расходов, применяемую в расчете, не только на сумму прямых расходов, относящихся к стоимости списанных материалов и принятого к учету основного средства, но на всю себестоимость их производства. В решении налоговым органом данное замечание было учтено и произведен перерасчет доли прямых расходов за 2010 год, а также величины прямых расходов, относящихся на НЗП, выпущенную продукцию и остатки готовой продукции на складе. С указанным перерасчетом налогоплательщик согласился.

Однако налоговый орган уменьшил сумму косвенных расходов, учитываемых для целей налогообложения в 2010 году, на всю величину косвенных расходов в себестоимости основного средства (6 423 400,73 руб.), объясняя это тем, что указанные косвенные расходы якобы были учтены для целей налогообложения дважды: один раз в составе общей суммы косвенных расходов, второй раз - через начисленную амортизацию.

Заявитель считает данный подход ошибочным, поскольку, как видно из оборотно-сальдовой ведомости для заказа 955, производство по этому заказу осуществлялось как в 2010 году, так и в 2009 году, то есть только часть косвенных расходов, относящихся к указанному заказу, была учтена для целей налогообложения в 2010 году, а остальная часть - в 2009 году. Таким образом, величина косвенных расходов, ошибочно списанных в затраты, составляет только долю указанных расходов, соразмерную стоимости принятого к учету основного средства в общей стоимости всей продукции, произведенной в рамках указанного заказа.

Налоговый орган полагает, что налогоплательщик неправомерно отнес в расходы для целей налогообложения в 2010 году всю сумму косвенных расходов в составе основного средства (в том числе и относящихся к 2009 году) - 6 423 400,73 руб. По мнению налогового органа, с учетом произведенных уточнений, за 2010 год налогоплательщик завысил налогооблагаемую прибыль на 1 940 699,63 руб.

Налогоплательщик считает правильным и соответствующим нормам налогового законодательства, что все косвенные расходы 2009 года были отнесены на финансовый результат для целей налогообложения в 2009 году и не подлежат сторнированию в 2010 году (поскольку относятся на финансовый результат в том периоде, когда они имели место, а не в периоде реализации произведенной продукции). А исключение из расходов 2010 года, в том числе и косвенных расходов в стоимости основного средства, относящихся к 2009 году, является необоснованным.

Из материалов дела следует, что двойного включения в расходы для целей налогообложения косвенных расходов 2009 года в ходе проверки не установлено. Сумма амортизации, начисленная в бухгалтерском учете, соответствует полной стоимости основного средства, а сумма амортизации, начисленная в налоговом учете, уменьшается на величину косвенных расходов в стоимости основного средства, относящихся к 2009 году.

По итогам выездной проверки за 2011 год в пункте 1 решения налоговый орган отмечает факт занижения налога на прибыль на 15 515 194 руб. В акте проверки соответствующие нарушения отражены в разделах "Доходы от реализации продукции" (п. 2.1.2.1 акта), "Расходы, связанные с производством и реализацией" (п. 2.1.2.2 акта), а также "Исчисление налога на прибыль" (п. 2.1.2.5 акта).

В пункте 1.2 оспариваемого решения налоговый орган указывает, что налогоплательщик в 2011 году неправомерно занизил сумму доходов, условно исчисленных по продукции с длительным циклом изготовления (заказ N 056421/2009, договор N 139/09/454-2028 от 04.05.2009), не сданной заказчику, на 16 613 892,61 руб. в связи с тем, что при исчислении дохода применил не договорную цену, указанную в договоре (420 330 990 руб.), а уменьшенную цену, согласованную сторонами в протоколе согласования договорной цены от 03.03.2012 (389 564 522,20 руб.).

Протокол договорной цены был подписан сторонами и вступил в силу 03.03.2012. Однако в соответствии с положениями протокола новая цена подлежала применению сторонами не с даты подписания протокола или иной специально указанной даты, а, в соответствии с условиями договора, с момента вступления в силу основного договора (точнее, с даты начала действия положения о договорной цене).

Таким образом, указание в протоколе договорной цены срока действия цены (то есть уточненной цены) "в соответствии с условиями договора", то есть с момента заключения основного договора указывает на то, что из соглашения сторон "вытекает иное", то есть изменение цены не с даты протокола, а с даты самого договора. То же самое вытекает и из характера изменения договора, поскольку изменение цены касается не только будущего периода по отношению к дате подписания протокола, но охватывает весь срок действия договора.

Учитывая, что на указанную дату - 03.03.2012 налогоплательщик еще не произвел расчет своих налоговых обязательств по налогу на прибыль за 2011 год и не предоставил в налоговый орган декларацию по налогу на прибыль за 2011 год, он счел возможным произвести исчисление налоговых обязательств за отчетный период с учетом изменения договорных условий, хотя и произошедшего после отчетной даты, но относящегося и к прошлым периодам в соответствии с условиями договора и соответствующим положением, прямо прописанном в протоколе согласования договорной цены от 03.03.2012.

В этой связи, по мнению заявителя, налоговый орган безосновательно доначислил по итогам проверки 3 322 778,52 руб. налога, а также незаконно начислил соответствующие пени и штрафные санкции.

Кроме того, в пункте 1.3 оспариваемого решения (п. 2.1.2.2 акта выездной налоговой проверки) отмечено, что в 2011 году налогоплательщик завысил сумму прямых расходов, приходящихся на реализованную продукцию (а также работы и услуги), на сумму 60 962 078,02 руб., и на 51 084 689,11 руб. завысил сумму прямых расходов, приходящихся на остатки незавершенного производства и на остатки готовой продукции на складе.

Размер превышения прямых расходов, относящихся к реализованной продукции, по мнению проверяющих (с учетом уточнения расчетов за 2010 год, произведенного на основании возражений налогоплательщика), составляет 51 764 955,86 руб. Такой вывод сделан на основании уточненного расчета доли прямых расходов за 2011 год.

Между тем, как установлено судами, инспекцией не учтены для целей налогообложения данные по производственным затратам по счету 20/2/3. Кроме того, налоговый орган не проверил правильность исчисления общей суммы выручки, а также общей суммы расходов для целей налогообложения, исчисленных налогоплательщиком по данным бухгалтерского и налогового учетов, указанных в налоговой декларации по налогу на прибыль за 2011 год.

Общая сумма расходов, связанных с реализацией произведенной продукции (работ, услуг), составляет 1 524 441 507 руб. Сумма прямых расходов складывается из прямых расходов по реализованной продукции - 296 685 662,48 руб. (по налоговому расчету налогоплательщика) и прямых расходов по реализованным работам - 306 406 979,91 руб. Уточненная проверка по данным бухгалтерского учета показывает, что общая сумма косвенных расходов составляет 671 748 433,29 руб. (667 971 130,11 руб. косвенных расходов по заказам основного и вспомогательного производств и 3 777 303,18 руб. по иным вспомогательным и обслуживающим производствам).

Сумма выручки для целей налогообложения, отраженная в налоговой декларации, составляет всего 1 686 919 814 руб., в том числе: доходы от реализации - 1 665 413 827 руб. (стр. 010 листа 02) и внереализационные доходы - 21 505 987 руб. (стр. 020 листа 02), состоит из следующих показателей: доходы в бухгалтерском учете в сумме 1 337 766 579 руб. (которые включают в том числе доходы от реализации, внереализационные доходы в сумме 21 505 987 руб.), доходы прошлых периодов в сумме 460 357 руб., а также выручка (условная) по заказам с длительными технологическими циклами - 349 613 593 руб.

При этом доходы по заказам с длительными технологическими циклами налогоплательщик исчисляет (в соответствии с принятой на предприятии методикой), как величину условного дохода (выручки) по производству продукции с длительными технологическими циклами в текущем году, скорректированную на величину условной выручки прошлых периодов по заказам с длительными технологическими циклами, сданными заказчику в отчетном периоде.

Для верного исчисления прибыли за 2011 год сумма прямых расходов, отсторнированная по заказам 2010 года, сданным заказчикам в 2011 году, подлежит включению в состав прямых расходов 2011 года (как фактические прямые расходы, относящиеся к продукции, реализованной в 2011 году), а в объем выпущенной продукции (работ) подлежит включению также себестоимость указанных заказов. Однако налогоплательщик ошибочно включил в состав расходов только общую сумму расходов (полную производственную себестоимость) по четырем закрытым заказам, в размере 125 450 724 руб., которую налоговый орган и исключил из налогового расчета (расчета доли прямых расходов по выпущенной продукции) в связи с отсутствием относящихся к указанной себестоимости соответствующих прямых расходов.

В результате такой ошибки прямые расходы оказались занижены на сумму прямых расходов, относящихся к заказам с длительными циклами, сданными заказчику в 2011 году, осуществленных при производстве указанных заказов в 2010 году.

Кроме того, при сторнировании условной выручки и прямых расходов по заказам с длительными циклами прошлых лет налогоплательщик совершил ряд ошибок, которые налоговый орган не отразил в результатах проверки.

По двум из четырех указанных заказов неверно были отражены суммы условной выручки, которые были исчислены только по данным 2010 года. Однако указанные заказы были начаты производством в 2009 году и общая сумма условной выручки за 2009 и 2010 годы по данным налогового учета, выше отсторнированной налогоплательщиком в 2011 году.

Налогоплательщик неверно определил и сумму прямых расходов, учтенных в 2009 и 2010 годах, относящихся к указанным заказам. Всего сумма прямых расходов составляет 79 609 409 руб. При этом в расчетах 2011 года прямые расходы по заказу 066121/2010 в сумме 275 826 руб. относятся к прямым расходам по производству работ, а остальные прямые расходы в сумме 79 333 583 руб. - к прямым расходам по производству продукции.

Таким образом, условная выручка по заказам с длительными технологическими циклами в 2011 году составляет 346 708 305 руб. Производственная себестоимость указанных заказов, отраженная в учете в 2009 и 2010 годах составляет 126 268 257 руб.

При этом в расчетах 2011 года себестоимость заказа 066121/2010 в сумме 817 532 руб. относится к себестоимости работ, а остальная себестоимость в сумме 125 450 725 руб. - к себестоимости продукции.

Судами указано, что при уточненном расчете доли прямых расходов по производству продукции в 2011 году налоговый орган опирался на данные налогоплательщика без их перепроверки.

В связи с этим при расчете доли прямых расходов по производству продукции не были учтены данные по счету 20/2/3 (производство продукции, облагаемой НДС по ставке 0%). При этом себестоимость работ по заказу с длительными технологическими циклами 003831/2011, а также соответствующие прямые расходы по указанному заказу (учет по которому и осуществлялся на счете 20/2/3) при перерасчете налоговый орган исключил из себестоимости и прямых расходов по производству работ. В то же время эти величины относятся к расчету доли прямых расходов по производству продукции.

Таким образом, себестоимость производства продукции с длительными циклами, в соответствии с данными налогового регистра по заказам длительного цикла за 2011 год, составляет не 274 216 754 руб., а 335 099 110 руб. В то же время прямые расходы, относящиеся к производству продукции с длительными технологическими циклами, составляют 220 781 627 руб.

Кроме того, поскольку расчет производится в целях налогового учета, в состав прямых расходов следует включить отклонение в исчислении амортизации по данным налогового и бухгалтерского учетов (с соответствующим знаком). По данным налогового учета ("Реестр учета прямых расходов, уменьшающих облагаемую прибыль (продукция)" за 2011 год) размер начисленной амортизации составляет 27 745 883,26 руб.; по данным бухгалтерского учета - 26 711 025,95 руб. Следовательно, в состав прямых расходов следует включить положительную разницу в размере 1 034 857 руб.

Прямые расходы, произведенные в 2011 году при производстве продукции, составляют - 473 705 057 руб. (таблица распределения расходов). Указанные прямые расходы подлежат уменьшению на величину прямых расходов по производству заказов с длительными технологическими циклами в 2011 году (220 781 627 руб.) и увеличению на сумму прямых расходов по заказам длительного цикла 2009-2010 годов, сданных заказчику в 2011 году (79 333 583 руб.). Откорректированная по всем указанным показателям величина прямых расходов в 2011 году составит 333 291 870 руб.

Фактическая себестоимость выпущенной продукции в 2011 году составила 376 533 821 руб. (кредитовый оборот по счету 20/2/1). Указанная себестоимость подлежит увеличению на себестоимость по заказам длительного цикла 2009 - 2010 годов, сданных заказчику в 2011 году (125 450 725 руб.). Откорректированная себестоимость производства продукции в 2011 году составит 501 984 546 руб.

Себестоимость НЗП на конец 2011 года составляет разницу между суммарным дебетовым сальдо по счетам 20/2/1 и 20/2/3 и производства продукции по заказам с длительными технологическими циклами, что составило 78 659 853 руб.

Таким образом, сумма прямых расходов, продукции, фактически реализованной в 2011 году, составляют 322 384 руб.

По итогам уточненного расчета прямых расходов, относящихся к реализованным в 2011 году работам, налоговый орган уменьшил сумму прямых расходов на 8 692 076 руб.

При этом налоговый орган не учел ряд факторов, связанных с изложенным выше порядком учета расходов по заказам с длительными технологическими циклами прошлых периодов, сданных заказчику в текущем отчетном периоде (в 2011 году).

Себестоимость производства работ с длительными циклами в 2011 году, составляет не 102 190 102 руб., как ошибочно принимает налоговый орган, а 41 307 745 руб. (за вычетом себестоимости производства по заказу 003831/2011 в сумме 60 882 357 руб., затраты по которому отражены на счете 20/2/3 и ошибочно отнесены инспекцией к заказам по производству работ).

В то же время прямые расходы, относящиеся к производству продукции с длительными технологическими циклами, составляют не 59 799 846 руб., а 27 892 755 руб. (за вычетом 31 907 091 руб. по заказу 003831/2011).

Кроме того, поскольку расчет производится в целях налогового учета, в состав прямых расходов следует включить отклонение в исчислении амортизации по данным налогового и бухгалтерского учетов (с соответствующим знаком).

По данным налогового учета размер начисленной амортизации составляет 34 843 521,79 руб.; по данным бухгалтерского учета - 30 472 319,32 руб. Следовательно, в состав прямых расходов следует включить положительную разницу в размере 4 371 202 руб.

Прямые расходы, произведенные в 2011 году при производстве продукции, составляют 328 269 940 руб. Указанные прямые расходы подлежат уменьшению на величину прямых расходов по производству заказов с длительными технологическими циклами в 2011 году и увеличению на сумму прямых расходов по заказам длительного цикла в 2009-2010 годах, сданных заказчику в 2011 году. Откорректированная по всем указанным показателям величина прямых расходов в 2011 году составит 305 024 213 руб.

Фактическая себестоимость выпущенной продукции в 2011 году составила 738 402 963 руб.

Указанная себестоимость подлежит увеличению на себестоимость по заказам длительного цикла 2009-2010 года, сданных заказчику в 2011 году и уменьшению на себестоимость работ по заказам с длительными технологическими циклами в 2011 году. Откорректированная себестоимость производства работ в 2011 году составит 697 912 750 руб.

Себестоимость НЗП на конец периода 2011 года составляет 306 188 002 руб. и подлежит корректировке (уменьшению) на себестоимость выполнения работ по заказам с длительными технологическими циклами. В результате НЗП на конец периода 2011 года для целей расчета составляет 264 880 257 руб.

Таким образом, как правильно установлено судами, прямые расходы по производству продукции (работ, услуг), учитываемые в целях налогообложения в 2011 году, составляют 852 207 593 руб., в том числе: прямые расходы, относящиеся к фактически реализованной продукции - 322 633 384 руб.; прямые расходы, относящиеся к фактически реализованным работам - 280 899 828 руб.; прямые расходы по производству продукции (работ, услуг) по заказам с длительными технологическими циклами - 248 674 381 руб.

Косвенные расходы, как было показано ранее, составляют 671 748 433 руб.

Все расходы, подлежащие отражению по стр. 030 листа 02 налоговой декларации, равны 1 524 912 737 руб. Внереализационные расходы - 15 494 546 руб. Всего расходов в целях налогообложения - 1 540 407 283 руб.

Выручка в целях налогообложения (включая внереализационные доходы) составляет 1 684 014 527 руб.

Судами установлено, что налогоплательщик не учитывал дважды суммы прямых расходов по заказам длительного цикла, что видно из налоговой декларации.

Таким образом, судебные инстанции обоснованно пришли к выводу, что ошибочное отнесение прямых расходов по заказам с длительными циклами в состав косвенных расходов, как показывает уточненный расчет, не приводит к двойному учету расходов для целей налогообложения. Использование одних и тех же данных (размера прямых расходов по заказам с длительными циклами) в нескольких промежуточных расчетах, что обнаружено в ходе выездной проверки, не противоречит закону, учетной политике предприятия и не искажает исчисленный финансовый результат.

Довод налогового органа о том, что прямые расходы, относящиеся к счету 20/2/3, не могут влиять на распределение прямых расходов по другим заказам, отраженным на счете 20/2/1, является необоснованным. Даже если данные по одному субсчету не могут влиять на расчеты по другому субсчету, то при исчислении общего финансового результата следует учитывать все же все прямые расходы налогоплательщика, связанные с производством продукции (пусть даже облагаемой НДС по различным ставкам). Следовательно, в расчете условной прибыли по заказам с длительными циклами следует учитывать как условную выручку по всем заказам, так и фактические прямые расходы также по всем заказам. Выручка (условная) по заказу 003831/2011 была отражена налогоплательщиком в расчете условной прибыли по производству услуг (работ), а не по производству продукции. Следовательно, учету также подлежат и прямые расходы по производству данного заказа.

Налоговый орган при проведении проверки выявил ошибки налогоплательщика, имевшие место при осуществлении промежуточных расчетов, не отследив последствия таких ошибок и их влияние на окончательный результат в исчислении налоговой базы.

В итоге налоговый орган в ходе налоговой проверки исчислил иную (меньшую, чем у налогоплательщика) сумму расходов, но ни в решении, ни в акте проверки не отразил данные о конкретных расходах, которые налоговый орган принял для целей налогообложения, и которые исключил из числа расходов, принимаемых налогоплательщиком. Все расчеты сделаны налоговым органом путем исчисления неких отклонений по промежуточным расчетам и прибавления таких отклонений к данным налогоплательщика.

Заявитель считает, что уменьшение расходов за 2011 год на сумму 60 457 035 руб., а также соответствующее доначисление налога на прибыль в размере 12 091 407 руб., начисление соответствующих пеней и штрафных санкций является необоснованным.

Оценив представленные сторонами доказательства в соответствии с требованиями норм статей 41, 247 НК РФ, суды сделали обоснованный вывод о неправомерном доначислении заявителю налога на прибыль, недоказанности произведенных инспекцией расчетов.

По мнению налогового органа, установленные в ходе проверки факты хозяйственной деятельности предприятия, отраженные в соответствующих регистрах бухгалтерского и налогового учета (пункт 1.1 решения от 08.02.2013 N 2), свидетельствуют о том, что заявитель завысил налогооблагаемую прибыль в 2010 году на 1 940 699,63 руб.

Между тем, как установлено судами, инспекция не представила доказательства, на основании которых можно сделать такой вывод, и не пояснила, почему косвенные расходы, произведенные фактически в 2009 году, налоговый орган относит к 2010 году.

В соответствии со статьей 41 НК РФ, закрепляющей принципы определения доходов, доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить в соответствии с названными в этой статье главами Кодекса.

Согласно пункту 1 статьи 248 НК РФ доходы определяются на основании первичных документов и документов налогового учета.

Размер налогового обязательства плательщика налога на прибыль должен быть сопоставим с размером экономической выгоды от конкретной сделки, подлежащей налогообложению.

Налоговый орган указывает, что в связи с тем, что договорная цена изделия изменялась в 2012 году, то она не может быть применена к условиям 2011 года, так как в соответствии с пунктом 1 статьи 271 НК РФ доходы признаются в том отчетном периоде, в котором они имели место, независимо от фактического поступления денежных средств или иного имущества.

Но в данном случае спор идет не о признании или непризнании доходов в 2011 году, а о порядке определения суммы этих доходов, так как доходы эти являются условными, и исчисляются, исходя из данных бухгалтерского учета в отношении процента выполнения заказа, и данных договора в части определения соответствующей доли цены продукции (изделия).

Поэтому доводы налогового органа о том, что уточненная цена по договору не может применяться к 2011 году, правомерно не были приняты судами во внимание.

В протоколе договорной цены от 03.03.2012 прямо указан срок действия новой цены - "в соответствии с условиями договора". Договором же предусмотрено, что указанная в нем цена является предварительной и ориентировочной и подлежит изменению по соглашению сторон в пределах срока действия договора. Следовательно, новая цена применяется к единственному изделию с начала действия договора, экономической выгоды в виде спорной суммы не возникает.

В соответствии со статьей 313 НК РФ налоговый учет осуществляется в целях формирования полной и достоверной информации о порядке учета для целей налогообложения хозяйственных операций, осуществленных налогоплательщиком в течение отчетного (налогового) периода, а также обеспечения информацией внутренних и внешних пользователей для контроля за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью исчисления и уплаты в бюджет налога.

Система налогового учета организуется налогоплательщиком самостоятельно, исходя из принципа последовательности применения норм и правил налогового учета, то есть применяется последовательно от одного налогового периода к другому.

Данные налогового учета должны отражать порядок формирования суммы доходов и расходов, порядок определения доли расходов, учитываемых для целей налогообложения в текущем налоговом (отчетном) периоде, сумму остатка расходов (убытков), подлежащую отнесению на расходы в следующих налоговых периодах, порядок формирования сумм создаваемых резервов, а также сумму задолженности по расчетам с бюджетом по налогу.

Подтверждением данных налогового учета являются: первичные учетные документы (включая справку бухгалтера); аналитические регистры налогового учета; расчет налоговой базы.

Порядок ведения налогового учета устанавливается налогоплательщиком в учетной политике для целей налогообложения, утвержденной соответствующим приказом (распоряжением) руководителя (пункт 5 статьи 313 НК РФ). Учетной политикой для целей налогообложения согласно пункту 2 статьи 11 НК РФ является выбранная налогоплательщиком совокупность способов (методов) определения доходов и (или) расходов, их признания, оценки и распределения, а также учета иных необходимых для целей налогообложения показателей финансово-хозяйственной деятельности налогоплательщика.

В рассматриваемом случае, как установлено судами, имеющаяся в документах аналитического учета налогоплательщика информация содержала все необходимые сведения для исчисления налоговой базы и составления налоговой отчетности.

Как обоснованно указывает заявитель, проверкой произведен не самостоятельный расчет финансовых результатов за 2011 год, а лишь расчет неких отклонений, которые затем применены к данным уточненной налоговой декларации от 06.11.2012. Исчисление отклонений налоговым органом обусловлено лишь тем, что налоговый орган применяет иную, чем налогоплательщик, методику расчета.

Однако результат расчета налогоплательщика подтвердил правильность исчисления им финансовых результатов по итогам 2011 года, а также правильность исчисления расходов, сумма которых при подаче уточненных деклараций не изменялась (только уменьшилась в связи с исключением из расходов суммы налога на имущество). В методике налогоплательщика двойное налогообложение исключается путем осуществления сторнировочных проводок, компенсирующих исчисление условной прибыли в предыдущие годы.

Фактически налоговый орган произвел расчет доначислений без учета применяемой налогоплательщиком методики расчета доходов по заказам длительного цикла. Расчета в целом по своей методике налоговый орган не осуществил.

Доначисление суммы прибыли налоговым органом по итогам выездной проверки приводит к двойному налогообложению одной и той же суммы дохода, является необоснованным и незаконным, оспариваемое решение налогового органа в этой части судами правомерно признано недействительным.

Также налоговый орган возражает против включения в расходы суммы амортизации, представляющей положительную разницу между амортизацией, исчисленной по налоговому учету, и амортизацией, исчисленной по бухгалтерскому учету. Доводы инспекции сведены к тому, что вся амортизация уже учтена в составе прямых расходов по производству продукции и работ.

Вместе с тем, в пояснении по делу от 06.12.2013 налоговый орган, возражая против учета спорной доли амортизации, фактически подтвердил позицию налогоплательщика: амортизация по данным бухгалтерского учета меньше, чем по данным налогового учета, а разница включена в расходы согласно "Регистрам учета прямых расходов", которые являются именно регистрами налогового учета. Тем самым налоговым органом не опровергнуты данные расчета налогоплательщика от 23.08.2013.

Налоговый орган, признавая осуществление налогоплательщиком сторнирующих проводок и включение в доходы 2011 года выручки по заказам длительного цикла, ранее учитываемой при налогообложении в форме условной выручки, требует исключения прямых расходов по заказам длительного цикла, соответствующих указанной выручке.

Между тем, как правильно указано судами, отказ налогового органа от признания применяемой налогоплательщиком методики расчетов без представления собственной обоснованной методики, а также исключение из расчетов налоговой базы суммы прямых расходов, относящихся к сумме выручки, в таких расчетах учтенной, противоречит нормам статей 247, 253, 271, 272 НК РФ и приводит к незаконному и необоснованному доначислению налога не на сумму прибыли, а, фактически, на сумму исключенных налоговым органом прямых расходов по заказам длительного цикла.

Оценив фактические обстоятельства дела, суды пришли к выводу о том, что в нарушение статей 65, 71 и 200 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации инспекция не представила доказательств обоснованности перерасчета налоговых обязательств заявителя.

Из материалов дела усматривается, что решением от 08.02.2013 N 2 о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения по результатам выездной налоговой проверки инспекция доначислила налогоплательщику возвращенную сумму налога на имущество организаций за 2010-2011 годы (всего в размере 9 602 741 руб.).

Кроме того, по результатам камеральных проверок за отчетные периоды 2012 года, по итогам 2012 года, за 1 квартал 2013 года налоговый орган доначислил заявителю к уплате налог на имущество, при этом исходил из неправомерного, по его мнению, применения налогоплательщиком названной льготы.

В этой части, связанной с доначислением налога на имущество организаций за 2010-2012 года, за 1 квартал 2013 года, требования заявителя признаны судами обоснованными ввиду следующего.

Пунктом 15 статьи 381 НК РФ предусмотрено освобождение от налогообложения (налогом на имущество организаций) в отношении имущества государственных научных центров.

Действующее законодательство различает следующие виды научных центров: государственный научный центр Российской Федерации (далее - ГНЦ РФ); федеральный научно-производственный центр (далее - ФНПЦ).

Статус ГНЦ РФ присваивается организации в соответствии с Порядком присвоения статуса ГНЦ РФ, утвержденным Указом Президента Российской Федерации от 22.06.1993 N 939.

Статус ФНПЦ присваивается организации в соответствии с Порядком присвоения статуса ФНПЦ, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 09.10.1995 N 983.

ГНЦ РФ и ФНПЦ являются государственными научными центрами, поскольку:

а) имеют государственный (федеральный) статус;

б) осуществляют научную деятельность;

в) являются центрами - согласно статусу.

При этом предоставление государственным научным центрам рассматриваемой налоговой льготы является формой их государственной поддержки, право на которую закреплено в пункте 2 Указа Президента Российской Федерации от 22.06.1993 N 939 (для ГНЦ РФ) и пункте 3 постановления Правительства Российской Федерации от 09.10.1995 N 983 (для ФНПЦ).

Пункт 15 статьи 381 НК РФ не содержит указания на то, что предусмотренная данной нормой налоговая льгота распространяется исключительно в отношении тех центров, которые стали таковыми только в порядке, предусмотренном Указом Президента Российской Федерации от 22.06.1993 N 939, либо только в порядке, предусмотренном постановлением Правительства Российской Федерации от 09.10.1995 N 983.

Статус ФНПЦ присвоен налогоплательщику распоряжением Правительства Российской Федерации от 10.02.2004 N 188-р ("Собрание законодательства РФ" 16.02.2004, N 7, ст. 578). Налогоплательщик включен в Перечень организаций, статус ФНПЦ которых сохраняется, утвержденный распоряжением Правительства Российской Федерации от 07.02.2006 N 154-р ("Собрание законодательства Российской Федерации" 13.02.2006, N 7, ст. 835).

В соответствии с уставом налогоплательщик является правопреемником федерального государственного унитарного предприятия "Научно-производственное объединение "Марс" (создано путем реорганизации в форме преобразования).

Суды также правомерно учли обстоятельства, связанные с осуществлением заявителем фактической деятельности.

С 1999 года ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" аккредитовано как научная организация (свидетельство о государственной аккредитации от 28.10.1999 N 1823; свидетельство о государственной аккредитации от 24.12.2001 N 3522).

Управление научной деятельностью предприятия осуществляет научно-технический совет, председателем которого является генеральный директор ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС", кандидат технических наук. Научно-технический совет является постоянно действующим высшим совещательным, консультативно-экспертным органом в системе правления предприятием.

С 1987 года ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" сертифицировано согласно международным стандартам системы менеджмента качества.

На ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" создан механизм управления за реализацией программы инновационного развития (служба внутреннего аудита, согласно положению П АБЕИ 226-2010, утвержденному приказом ГД от 11.10.2010 N 225/10). Существует система вознаграждения руководителей и исполнителей по итогам реализации программы инновационного развития.

Приказом ректора УлГТУ от 06.12.2010, в соответствии с соглашением о сотрудничестве УлГТУ и ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" от 21.06.2010, в составе ФИСТ создана базовая кафедра ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" "Инфокоммуникационные технологии и радиоэлектронные средства" (ИКТРС). Целью создания кафедры является подготовка специалистов в области разработки аппаратных и программных средств автоматизированных систем управления. В 2012-2013 учебном году обучается 16 студентов.

Объем научной и научно-технической деятельности заявителя в 2010-2011 годах составил 92,3% (в том числе выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских, проектных, технологических и других видов работ по созданию сложной продукции производственно-технического назначения).

В 2010-2011 годах на балансе ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" числилось уникальное опытно-экспериментальное оборудование (эксплуатируемое и по истечении указанного периода): отладочно-моделирующие испытательные стенды для автоматизированных систем управления и программного обеспечения; испытательное оборудование на воздействие механических и климатических факторов; система автоматизированного проектирования технических средств; система автоматизированного проектирования программных средств; опытное производство технических средств, электронных модулей, печатных плат и механических конструкций; автоматизированная система управления предприятием с локальной вычислительной сетью на 600 рабочих мест.

В 2012 году заявителем в рамках федеральных целевых программ приобретено уникальное оборудование, в том числе вертикально-фрезерный обрабатывающий центр SPINNER U3-620; токарный станок SPINNER TC 300; терморихтовочная печь ПНК-1; установка PrintProcess Targomat V; однорядная химико-гальваническая линия с автооператорами PAL 3925 R2_rev2; автоматическая конвейерная система контроля отверстий GAM960; автоматическая установка поверхности и снятия заусенцев Unibloc 4/25/FA.

В 2010-2011 годах было выпущено 8 выпусков журнала "Автоматизация процессов управления", в 2012 году - 4 выпуска. Журнал зарегистрирован в международном реестре журналов, включен в объединенный каталог "Пресса России. Российские газеты и журналы", в базу данных научной электронной библиотеки и специализированную базу данных "Российского индекса научного цитирования" (РИНЦ). Решением Президиума Высшей аттестационной комиссии Министерства образования и науки Российской Федерации от 19.02.2010 N 6/6 журнал "Автоматизация процессов управления" включен в "Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых публикуются основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук".

Сотрудниками ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" за 2010-2011 годы в направлении научно-технической деятельности была выполнена следующая работа: проведена защита диссертаций на соискание степени кандидата технических наук - 10 сотрудников; опубликовано 158 научно-технических статей (докладов); участие в научных конференциях - 157 сотрудников.

За 2012 год в направлении научно-технической деятельности была выполнена следующая работа: проведена защита диссертаций на соискание степени кандидата технических наук - 3 сотрудника; опубликовано 57 научно-технических статей (докладов); участие в научных конференциях - 189 сотрудников.

Предприятие является участником и дипломантом ряда международных и всероссийских выставок и салонов, на которых проводилась демонстрация перспективных образцов военной техники, разрабатываемых по заказам ВМФ, в том числе в 2010-2011 годах: международная выставка "KADEX-2010" в Республике Казахстан; международный военно-морской салон-2011 в г. Санкт-Петербурге; выставочная экспозиция достижений предприятий, входящих в ОАО "Концерн "Морин-формсистема-Агат" в г. Москве; молодежная научно-техническая конференция "Автоматизация процессов управления" в г. Ульяновске; семинар-выставка достижений ВПК в части совершенствования и развития технической основы систем управления ВС РФ; а также в 2012 году: "KADEX-2012" (г. Астана, Республика Казахстан); "Евронаваль-2012" (г. Париж, Франция).

За достижения в области науки и техники предприятие и сотрудники заявителя награждены международными премиями: международная общественная премия "Европейский стандарт" - 1 чел.; звание "Лауреат международной премии "Европейский стандарт" - 1 чел.

За 2010-2011 годы подано 12 заявок на получение патентов, получено 12 патентов, за 2012 год подано 10 заявок на получение патентов, получено 6 патентов.

При данных обстоятельствах, с учетом позиции Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, изложенной информационном письме от 17.11.2011 N 148 "Обзор практики разрешения арбитражными судами дел, связанных с применением отдельных положений главы 30 НК РФ", суды обоснованно посчитали, что ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" в целях стимулирования научной и научно-технической деятельности имеет право на применение налоговой льготы, предусмотренной пунктом 15 статьи 381 НК РФ. Доначисление налогоплательщику суммы налога на имущество организаций является неправомерным. Необоснованным является и начисление налогоплательщику пеней, а также привлечение заявителя к налоговой ответственности, предусмотренной пунктом 1 статьи 122 НК РФ за неполную уплату налога на имущество организаций.

Дополнительным решением Арбитражного суда Ульяновской области от 12.02.2014 заявление ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" о признании недействительным решения Межрайонной ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Ульяновской области от 08.02.2013 N 2 по эпизоду, связанному с привлечением к налоговой ответственности, предусмотренной пунктом 1 статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации, в виде штрафа в размере 1 421 790 рублей в связи с представлением в инспекцию в период проведения выездной налоговой проверки уточненной налоговой декларации с суммой доплаты - 14 217 904 рубля (номер корректировки 1, регистрационный номер 712087) за 2011 год от 26.10.2012, оставлено без рассмотрения.

В кассационной жалобе ФНПЦ ОАО "НПО "МАРС" не согласно с принятыми по делу дополнительным решением суда первой инстанции от 12.02.2014 и постановлением суда апелляционной инстанции от 14.04.2014 в части оставления без изменения дополнительного решения

Судебная коллегия кассационной инстанции не находит оснований для отмены вышеуказанных судебных актов по следующим основаниям.

Согласно пункту 5 статьи 101.2 НК РФ решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения может быть обжаловано в судебном порядке только после обжалования этого решения в вышестоящем налоговом органе.

Судебными инстанциями установлено, что заявителем не был соблюден досудебный порядок урегулирования спора в части данного требования по спорному эпизоду и, соответственно, этот эпизод вышестоящим налоговым органом в порядке статьи 138 НК РФ не рассматривался.

Так, из текста апелляционной жалобы от 01.03.2013 N 26/Б-234, поданной заявителем в Управление Федеральной налоговой службы по Ульяновской области, прямо следует, что в данной части решение заявителем не обжаловалось, при том, что в этой в апелляционной жалобе налогоплательщик указал конкретно, в какой именно части он обжалует решение инспекции.

Данным обстоятельствам судами дана надлежащая оценка.

Доводы кассационной жалобы не опровергают обстоятельств, установленных судами при рассмотрении настоящего дела, и направлены на переоценку их выводов. Нарушений судами норм материального и процессуального права не выявлено, у суда кассационной инстанции отсутствуют основания для отмены обжалованных судебных актов.

На основании изложенного и руководствуясь пунктом 1 части 1 статьи 287, статьями 286, 289 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, Федеральный арбитражный суд Поволжского округа

ПОСТАНОВИЛ:

решение Арбитражного суда Ульяновской области от 21.01.2014, дополнительное решение Арбитражного суда Ульяновской области от 12.02.2014 и постановление Одиннадцатого арбитражного апелляционного суда от 14.04.2014 по делу N А72-6211/2013 оставить без изменения, кассационные жалобы - без удовлетворения.

Постановление вступает в законную силу со дня его принятия.

Председательствующий судья

Р.Р. Мухаметшин

Судьи

Ф.Г. Гарипова О.В. Логинов