Постановление Седьмого арбитражного апелляционного суда от 14 декабря 2011 г. N 07АП-8764/11

г. Томск

14 декабря 2011 г.

Дело N А67-3128/2011

Резолютивная часть постановления объявлена 07 декабря 2011 г..

Полный текст постановления изготовлен 14 декабря 2011 г..

Седьмой арбитражный апелляционный суд в составе:

председательствующего Ждановой Л. И.

судей Музыкантовой М. Х., Скачковой О. А.

при ведении протокола судебного заседания помощником судьи Казариным И.М.

с использованием средств аудиозаписи

при участии:

от заявителя: Панов В. А. по доверенности от 09.12.2010 года (сроком на 3 года)

от заинтересованного лица: Васина А. В. по доверенности о 15.11.2011 года (сроком по 31.12.2011 года), Цалко Е. С. по доверенности N 9 от 15.11.2011 года (сроком по 31.12.2011 года), Гузеева Н. Д. по доверенности N 3 от 11.01.2011 года (сроком по 31.12.2011 года)

от третьих лиц: без участия (извещены)

рассмотрев в судебном заседании апелляционную жалобу Общества с ограниченной ответственностью "Строительное монтажное управление - 9", г. Томск

на решение Арбитражного суда Томской области

от 09 сентября 2011 года по делу N А67-3128/2011 (судья Кузнецов А. С.)

по заявлению Общества с ограниченной ответственностью "Строительное монтажное управление - 9", г. Томск (ИНН 7017050267, ОГРН 1027000890784)

к Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы N 2 по Томской области, с. Кожевниково Томской области

третьи лица: Инспекция Федеральной налоговой службы по г. Томску, г. Томск

Управление Федеральной налоговой службы по Томской области, г. Томск

о признании недействительным решения N 2 от 10.02.2011 года в части,

УСТАНОВИЛ

Общество с ограниченной ответственностью "Строительное монтажное управление - 9" обратилось (далее по тексту - заявитель, налогоплательщик, Общество) в Арбитражный суд Томской области с заявлением к Межрайонной инспекцией Федеральной налоговой службы N 2 по Томской области (далее по тексту - заинтересованное лицо, ИНФС N2, Инспекция, налоговый орган) о признании недействительным решения N 2 от 10.02.2011 года "о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения" в части уплаты штрафа в результате занижения налоговой базы по НДС за 4 квартал 2008 года в размере 204 201,30 рублей и штрафа в результате занижения налоговой базы налогу на прибыль организаций за 2008 год в размере 269 202 рублей; начисления и уплаты пени по НДС в размере 481 659,79 рублей и по налогу на прибыль в размере 550 412,14 рублей; уплаты недоимки в размере 2 042 013 рублей по НДС и по налогу на прибыль в размере 2 692 020 рублей.

К участию в деле в качестве третьих лиц, не заявляющих самостоятельных требований относительно предмета спора, привлечены Инспекция Федеральной налоговой службы по г. Томску и Управление Федеральной налоговой службы по Томской области.

Решением Арбитражного суда Томской области от 09 сентября 2011 года признано недействительным решение налогового органа N 2 от 10.02.2011 года в части взыскания штрафа в сумме 525 754,05 руб. В остальной части в удовлетворении заявленных требований отказано.

Не согласившись с решением суда первой инстанции в части отказанных в удовлетворении заявленных требований, ООО "Строительное монтажное управление - 9" обратилось в Седьмой арбитражный апелляционный суд с апелляционной жалобой, в которой просит отменить решение Арбитражного суда Томской области от 09 сентября 2011 года в указанной части и принять по делу новый судебный акт об удовлетворении заявленных требований в полном объеме.

Общество в апелляционной жалобе, дополнениях к ней привело следующие доводы.

По налогу на прибыль:

Учитывая отражение в 2009 году в бухгалтерском учете ООО "СМУ-9" как выручки в размере 11 007 886,10 руб., так и расходов в размере 8 624 266 руб. (правильность суммы расходов за 2009 год подтверждена решением Инспекции) от реализации строительно-монтажных работ (далее СМР) по объекту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск", верным является увеличение налогооблагаемой базы по налогу на прибыль за 2008 года по данному заказчику не на всю сумму выручки, а только на 2 453 620 руб. руб.

В нарушение ст. 89 НК РФ налоговым органом установлен только факт занижения налога на прибыль, так как сумма выручки в размере 1 107 886,10 руб. не исключена из налогооблагаемой базы на прибыль за 2009 год. Ссылка суда на не соответствие счетов - фактур по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" не правомерна, так как для исчисления налога на прибыль первичными документами являются акт о приёмке выполненных работ КС-2 и справка о стоимости выполненных работ КС-3 от 25.12.2008 года на сумму 13 071 905,60 руб. Указанные документы заявителя идентичны полученным в ходе выездной налоговой проверки акту и справке ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск".

По налогу на добавленную стоимость:

Соглашаясь с нарушением, установленным налоговым органом в части не исчисления за 4 квартал 2008 года НДС в сумме 1 994 019,50 руб. по хозяйственной операции с заказчиком ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" в связи с занижением выручки в размере 11 007 886,10 руб., однако учитывая отражение данной суммы в книге продаж в 1 квартале 2009 года и не исключения ее из налоговой базы по НДС в данный период, заявитель считает необходимым исключить сумму 1 994 019,50 руб. при исчислении налоговой базы за налоговый период 1 квартала 2009 года, а НДС, исчисленный за 4 квартал 2008 года, уменьшить на сумму аванса 3 921 571,68 руб., перечисленного ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" 31.12.2008 года (с суммы аванса уплачен НДС, что подтверждается книгой продаж за период с 01.10.2008 г. по 31.12.2011 г.).

Кроме того, налоговым органом не учтены: по контрагенту ООО "Стройуниверсал" - право на получение заявителем налогового вычета в размере 152 542,38руб в результате неверного отражения в книге покупок НДС за 1 квартал 2008 года (46 165,26 руб. вместо 198 707,64 руб. по счету-фактуре N 93 от 31.03.2008 года); факт излишне исчисленного и уплаченного НДС за 2 квартал 2008 года от реализации имущественных прав по договорам об уступке требования от 02.06.2008 года, заключенным с ООО "ТомСтройПрокт" и ООО "ЗКПД ТДСК" в размере 292 006 руб.

В дополнении к апелляционной жалобе от 07.12.2011 года представитель заявителя уточнил просительную часть апелляционной жалобы и просил отменить решение суда первой инстанции в части отказа в удовлетворении требований Общества о признании недействительным оспариваемого решения Инспекции в части предложения уплатить недоимку: по налогу на прибыль в размере 2 379 433 руб., по налогу на добавленную стоимость в размере 2 042 013 руб., начисления пеней: за несвоевременную уплату налога на прибыль в размере 425 735 руб., за несвоевременную уплату налога на добавленную стоимость в размере 459 555 руб.

Подробно доводы заявителя изложены в апелляционной жалобе, дополнениях к апелляционной жалобе.

Заинтересованное лицо в отзыве на апелляционную жалобу, письменных пояснениях по делу и его представители в судебном заседании, частично соглашаясь с доводами заявителя, указали следующее.

Отражение в книге продаж заявителя за период с 01.01.09 г. по 31.03.09 года по счету-фактуре N 59 от 01.01.2009 года по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" дохода в размере 13 071 905,60 руб., в том числе, НДС в сумме 1 994 019,50 руб., и не проведение в документах бухгалтерского учета счетов - фактур N 4 от 01.01.2009 года (изъята у Общества в ходе выемки) и N 161 от 25.12.2008 года (представлена ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск"), не позволяет идентифицировать возникшие правоотношения по договору N 55-109/08-03 от 22.09.2008 года. В связи с чем, сумма 1 994 019,50 руб. не подлежит исключению из налоговой базы по НДС за 1 квартал 2009 года.

В силу положений п.1 ст. 171 НК РФ налоговый вычет носит заявительный характер, поэтому довод заявителя о неверном исчислении суммы НДС, подлежащей вычету за 1 квартал 2008 года, не обоснован.

Факт излишне исчисленного и уплаченного НДС за 2 квартал 2008 года от реализации имущественных прав по договорам об уступке требования от 02.06.2008 года, заключенным с ООО "ТомСтройПрокт" и ООО "ЗКПД ТДСК" в размере 292 006 руб. налоговым органом признается.

Инспекция также соглашается с суммой понесенных заявителем расходов по договору строительного подряда N 55-109/08-03 от 22.09.2008 года (заказчик ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск") в размере 2 868 311,92 руб. в связи с непредставлением апеллянтом доказательств, а именно, налоговых регистров и документов по затратам в размере 8 624 266,46 руб.

В случае исключения заинтересованным лицом выручки за 2009 год в размере 11 077 886,10 руб., а также суммы расходов по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" финансовым результатом за 2009 года по налогу на прибыль будет являться убыток, поэтому заявитель в порядке ст. 81 НК РФ скорректировал свой финансовый результат по налогу на прибыль за 2009 год.

Подробно доводы заинтересованного лица изложены в отзыве на апелляционную жалобу налогоплательщика, письменных пояснениях по делу, расчетах.

Инспекция Федеральной налоговой службы по г. Томску и Управление Федеральной налоговой службы по Томской области отзыв в порядке ст. 262 АПК РФ на апелляционную жалобу не представили.

Инспекция Федеральной налоговой службы по г. Томску в ходатайстве, поступившем в Седьмой арбитражный апелляционный суд 19.10.2011 года, просила рассмотреть апелляционную жалобу без ее участия.

Инспекция Федеральной налоговой службы по г. Томску и Управление Федеральной налоговой службы по Томской области, надлежащим образом уведомленные о времени и месте рассмотрения дела, явку своих представителей не обеспечили, в связи с чем по правилам статьи 156 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации дело рассмотрено в отсутствие третьих лиц.

Проверив материалы дела, в порядке статьи 268 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, изучив доводы апелляционной жалобы, дополнений к ней, отзыва на апелляционную жалобу, пояснениях по делу, заслушав представителей сторон, суд апелляционной инстанции считает решение Арбитражного суда Томской области от 09 сентября 2011 года подлежащим отмене в обжалуемой части по следующим основаниям.

На основании решения Межрайонной ИФНС РФ N 2 по Томской области N 1191 от 30.09.2010 г.. налоговым органом проведена выездная налоговая проверка правильности исчислении и уплаты налогов. По результатам проверки налоговым органом составлен акт выездной налоговой проверки N 1 от 14.01.2011 г. 10.02.2011 г. заместителем руководителя ИФНС РФ N 2 по Томской области по результатам проведения выездной проверки было вынесено решение "О привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения" N2 от 10.02.2011 г. Согласно указанного решения ИФНС N2 ООО "СМУ-9" необходимо уплатить штраф в сумме 531 064,70 рублей (п.1, 3.2.), пеню в сумме 1 073 864,84 рублей, в том числе по налог на добавленную стоимость в размере 481 659,79 рублей и налогу на прибыль в размере 55 412,14 рублей (п.2, 3.3.). уплатить недоимку в сумме 5 310

647 рублей, в том числе по НДС 2 042 013 рублей и по налогу на прибыль 2 692 020 рублей (п. 3.1.) и внести необходимые исправления в документы бухгалтерского и налогового учета (п. 4).

21.02.2011 г. ООО "СМУ-9" подана апелляционная жалоба в Управление ФНС России по Томской области на решение ИФНС N 2.

Решением N 124 от 22.04.2011 г. решение ИФНС N 2 оставлено без изменения, а апелляционная жалоба - без удовлетворения.

Несогласие налогоплательщика с принятым налоговым решением в указанной части послужило основаниям для обращения в Арбитражный суд Томской области с данным заявлением.

В соответствии со ст. 143 и статьей 246 НК РФ ООО "СМУ-9" является налогоплательщиком налога на добавленную стоимость и налога на прибыль.

Согласно статье 247 Кодекса объектом налогообложения по налогу на прибыль для российских организаций признаются полученные доходы, уменьшенные на величину произведенных расходов, определяемые в соответствии с положениями главы 25 Кодекса.

В соответствии с пунктом 1 статьи 252 Кодекса в целях налогообложения налогом на прибыль налогоплательщик уменьшает полученные доходы на сумму произведенных расходов, которыми признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты (а в случаях, предусмотренных статьей 265 Кодекса, убытки), осуществленные (понесенные) налогоплательщиком. Под обоснованными расходами понимаются экономически оправданные затраты, оценка которых выражена в денежной форме. Под документально подтвержденными расходами понимаются затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством Российской Федерации. Расходами признаются любые затраты при условии, что они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.

В соответствии со ст. 313 НК РФ налогоплательщики исчисляют налоговую базу по налогу на прибыль на основе данных налогового учета.

В соответствии с пунктом 1 статьи 54 Кодекса налогоплательщики - организации исчисляют налоговую базу по итогам каждого налогового периода на основе данных регистров бухгалтерского учета и (или) на основе иных документально подтвержденных данных об объектах, подлежащих налогообложению либо связанных с налогообложением.

В соответствии с законом "О бухгалтерском учете", все организации обязаны организовать ведение бухгалтерского учета своей деятельности. Кроме того, в соответствии с главой 25 Налогового кодекса Российской Федерации, организации, являющиеся плательщиками налога на прибыль, обязаны вести налоговый учет для целей исчисления и уплаты налога на прибыль.

Подрядные строительные организации ведут налоговый учет доходов и расходов в соответствии с требованиями главы 25 Налогового кодекса РФ.

Согласно статье 248 НК РФ, к доходам, признаваемым для целей налогообложения, налогом на прибыль, относятся доходы от реализации работ. Для строительных организаций к таким работам относятся работы, выполняемые по договорам строительного подряда. Для целей налогообложения налогом на прибыль доходы признаются в том отчетном периоде, в котором они имели место, независимо от фактического поступления денежных средств, иного имущества, имущественных прав.

При этом, согласно статье 39 НК РФ, реализацией работ признается передача результата выполненных работ одним лицом для другого лица.

Сдача результата работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляются актом, подписанным обеими сторонами. Оформление приемки производится путем составления унифицированной формы первичной учетной документации по учету работ в капитальном строительстве - "Акта о приемке выполненных работ" (ф. N КС-2), который подписывается представителями подрядчика и заказчика.

Статьей 166 НК РФ предусмотрено, что сумма налога при определении налоговой базы в соответствии со статьями 154-159 и 162 настоящего Кодекса исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля налоговой базы, а при раздельном учете - как сумма налога, полученная в результате сложения сумм налогов, исчисляемых отдельно, как соответствующие налоговым ставкам соответствующих налоговых баз.

В соответствии с п.2 ст. 166 НК РФ общая сумма налога при реализации товаров (работ, услуг) представляет собой сумму, полученную в результате сложения сумм налога, исчисленных в соответствии с порядком, установленным пунктом 1 настоящей статьи.

В соответствии с п.4 ст. 166 НК РФ общая сумма налога исчисляется по итогам каждого налогового периода применительно ко всем операциям, признаваемым объектом налогообложения в соответствии с подпунктами 1-3 пункта 1 статьи 146 настоящего Кодекса, момент определения налоговой базы которых, установленный статьей 167 настоящего Кодекса, относится к соответствующему налоговому периоду, с учетом всех изменений, увеличивающих или уменьшающих налоговую базу в соответствующем налоговом периоде.

В соответствии с п.1 ст. 167 НК РФ в целях настоящей главы моментом определения налоговой базы, если иное не предусмотрено пунктами 3,7-11, 13-15 настоящей статьи, является наиболее ранняя из следующих дат:

1) день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав;

2) день оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров

(выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.

В соответствии с п.1 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав налогоплательщик (налоговый агент, указанный в пунктах 4 и 5 статьи 161 настоящего Кодекса) дополнительно к цене (тарифу) реализуемых товаров (работ, услуг), передаваемых имущественных прав обязан предъявить к оплате покупателю этих товаров (работ, услуг), имущественных прав соответствующую сумму налога.

В соответствии с п.1 ст. 169 НК РФ счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм налога к вычету в порядке, предусмотренном настоящей главой.

В соответствии с п. 1 ст. 173 НК РФ сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется по итогам каждого налогового периода, как уменьшенная на сумму налоговых вычетов, предусмотренных статьей 171 настоящего Кодекса (в том числе налоговых вычетов, предусмотренных пунктом 3 статьи 172 настоящего Кодекса), общая сумма налога, исчисляемая в соответствии со статьей 166 настоящего Кодекса и увеличенная на суммы налога, восстановленного в соответствии с настоящей главой.

Судом первой инстанции установлено и материалами дела подтверждается, что в ходе выездной налоговой проверки проверяющим установлено занижение налоговой базы по налогу на прибыль и по налогу на добавленную стоимость в связи с не отражением в декабре 2008 года стоимости выполненных работ для ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" на сумму 13 071 905,60 руб., в том числе, НДС в сумме 1 994 019,50 руб.

В порядке ст. 93.1 НК РФ у контрагента ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" Инспекцией истребованы необходимые документы, подтверждающие взаимоотношения с ООО "СМУ-9".

В соответствии с условиями договора строительного подряда N 55-109/08-03 от 22.09.2008 г. ООО "СМУ-9" выполняло работы по частичному демонтажу и переносу объекта на новый адрес для ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск". Пунктом 5.1 статьи 5 данного договора стоимость работ, выполняемых Подрядчиком, составляет 13 872 158 руб., включая НДС (18%) 2 116 091 руб.

Сдача работ подрядчиком произведена в 4 квартале 2008 г., что подтверждается счетом-фактурой N 161 от 25.12.2008 г., справкой о стоимости выполненных работ (ф. N КС-3) от 25.12.2008 г., актом о приемке выполненных работ (ф. КС-2) от 25.12.2008 г.; выполненные услуги отражены ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" в 4 квартале 2008 г. по книге покупок.

Однако, в ходе произведенной в порядке ст. 94 НК РФ выемки документов, налоговым органом у ООО "СМУ-9" изъята счет-фактура N 4 от 01.01.2009 г., выставленная ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" на сумму 13 071 905,60 руб., в том числе НДС в сумме 1 994 019,50 руб.; при этом, в книге продаж за период с 01.01.09г. по 31.03.09 г. налогоплательщиком отражена сумма 13 071 905,60 руб., в том числе НДС в сумме 1 994 019,50 по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" с указанием счета-фактуры за N 59 от 01.01.2009 г.

Проанализировав изложенные выше обстоятельства, суд первой инстанции обоснованно установил, что заявитель в налоговом регистре по налогу на прибыль за 2008 г. не отразил как сумму выручки, так и сумму расходов по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" на основании первичных документов, а именно: счет - фактура N 161 от 25.12.2008 г., справка о стоимости выполненных работ (ф. N КС-3) от 25.12.2008 г., акт о приемке выполненных работ (ф. КС-2) от 25.12.2008 г. Данный факт не оспаривается заявителем, подтверждается и представителями Инспекции в апелляционном суде.

Однако, установив данные фактические обстоятельства, арбитражный суд в нарушение ст. 170 АПК РФ, отказывая заявителю в удовлетворении заявленных требований (в обжалуемой части) в связи с несоответствием счетов-фактур по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск", в решении не указал мотивы, по которым отклонил доводы заявителя, приведенные в обоснование своих требований.

В связи с чем, апелляционный суд не может согласиться с выводами арбитражного суда, при этом исходит из следующего.

В силу положений Налогового кодекса РФ задачей налогового контроля является объективное установление налогового обязательства проверяемого налогоплательщика.

Как следует из материалов дела и не опровергнуто представителями инспекции, между заявителем и его контрагентом ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск" в проверяемые Инспекцией налоговые периоды 2008-2009 гг. заключен лишь один договор строительного подряда N 55-109/08-03 от 22.09.2008 г. Однако, по указанной операции, являющейся объектом налогообложения, налога на прибыль и налога на добавленную стоимость, налогоплательщик понес расходы, которые отражены в налоговом регистре по затратам в 2009 году (представлен Инспекцией в суд апелляционной инстанции), в размере 8 624 266,46 руб., что не оспаривается заинтересованным лицом. Налоговый орган размер данных расходов под сомнение в ходе налоговой проверки не поставил, в нарушение положений ст. 65 АПК РФ доказательства того, что расходы понесены по иной хозяйственной операции, в материалы дела не представлены, в связи с чем, доводы ИФНС N2 о подтверждении расходов только в сумме 2 868 311,92 руб., о не возможности идентифицировать хозяйственную операцию по счету-фактуре N59 от 01.01.2009 г., апелляционным судом не принимаются. Кроме того, в книге продаж за период с 01.01.2009 год по 31.03.2009 года отражен доход в размере 13 071 905,60 руб., в том числе, НДС в сумме 1 994 019,50 руб. по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск", что также установлено в ходе выездной налоговой проверки.

Между тем, при исчислении налогооблагаемой базы по налогу на прибыль за 2008 год налоговый орган ограничился формальным установлением факта не включения в состав доходов денежных средств от операции, без учета расходов на ее совершение; при этом в оспариваемом решении установлено только занижение налогооблагаемой базы по налогу на прибыль и не отражен факт ее завышения по налогу на прибыль за налоговый период 2009 год и по налогу на добавленную стоимость за 1 квартал 2009 года.

Учитывая изложенное, апелляционный суд приходит к выводу о неправомерном исчислении налоговым органом налогооблагаемой базы по налогу на прибыль по налоговым периодам 2008 г. и 2009 г., по налогу на добавленную стоимость - по налоговым периодам 4 квартал 2008 г.. и 1 квартал 2009 года, и как следствие, не определение реальной налоговой обязанности налогоплательщика по итогам проверки налоговых периодов 2008 -2009 гг.

В связи с чем, принимая во внимание уточнения заявителя к апелляционной жалобе от 07.12.20011 года, а также представленные в суд апелляционной инстанции расчеты налогового органа, инспекцией излишне исчислены:

- недоимка по налог на прибыль организацией за 2008 год в размере 2 379 433 руб. (2 692 020 руб. - ((11 077 866,1 руб. - 8 624 266,46)= 2 453 620 руб. (налогооблагаемая прибыль) х 24% = 588 868 руб. (сумма налога за 2008 год по контрагенту ОАО "ОЭЗ ТВТ "Томск) +106 835 руб. (неоспариваемая заявителем сумма)= 695 703 руб.)) - 383 116 руб. (излишне исчисленный и уплаченный налог на прибыль за 2009 год)= 312 587 руб. - недоимка по налогу на прибыль за 2008 год); пени - в размере 425 735 руб. (550 412,14 руб. - 124 -677,53 руб.)

- недоимка по налогу на добавленную стоимость в размере 2 042 013 руб. (2 042 013 руб.- ((1 994 019,5 руб. - 598 205, 85 руб. (сумма аванса, отраженная в книге продаж за период с 01.10.2008 г. по 31.12.2008 г. - т.3 л.д.114)+ 47 994 руб. (неоспариваемая заявителем сумма)= 1 443 808 руб. (НДС за 4 квартал 2008 г.) - 292 006 руб. (излишне исчисленный и уплаченный НДС за 2 квартал 2008 года по контрагентам ООО "ЗКПД ТДСК" и ООО "ТомСтройПроект", признанная Инспекцией в апелляционном суде) - 1 395 813,81 руб. - излишне исчисленный и уплаченный НДС за 1 квартал 2009 года), пени - в размере 459 555 руб. (481 659,79 руб. - 22 105, 33 руб.).

Учитывая оспаривание заявителем всей суммы доначисленного налога на добавленную стоимость, довод заявителя об исчислении НДС с суммы аванса в налоговом периоде 4 квартал 2008 года, апелляционный суд не расценивает как новые требования применительно к положениям части 7 статьи 268 АПК РФ.

Исходя из положений пункта 1 статьи 171, пункта 3 статьи 173 НК РФ, применение налоговых вычетов по НДС является правом налогоплательщика, носит заявительный характер посредством их декларирования в подаваемых в налоговый орган налоговых декларациях, и может быть реализовано только при соблюдении установленных в главе 21 Кодекса условий.

Само по себе наличие у налогоплательщика документов, подтверждающих, по его мнению, право на применение налоговых вычетов, без отражения (указания, заявления) суммы налоговых вычетов в налоговой декларации, не является основанием для уменьшения подлежащего уплате в бюджет по итогам налогового периода НДС.

В рассматриваемом случае налоговые вычеты за 1 квартал 2008 года в размере 152 542,38 руб. Обществом до проведения и во время проведения выездной проверки не декларировались, поэтому довод заявителя о неверном исчислении суммы НДС за 1 квартал 2008 года судом апелляционной инстанции не принимается.

При изложенных обстоятельствах, несоответствие выводов, изложенных в решении в обжалуемой части, обстоятельствам дела, в силу пункта 3 части 1 статьи 270 АПК РФ является основанием для отмены решения суда первой инстанции в части отказа в удовлетворении требований заявителя о признании недействительным решение Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы N 2 по Томской области "о привлечении к налоговой ответственности за совершение налогового правонарушения" N2 от 10.02.2011 года в части предложения уплатить недоимку: по налогу на прибыль в размере 2 379 433 руб., по налогу на добавленную стоимость в размере 2 042 013 руб., начисления пеней: за несвоевременную уплату налога на прибыль в размере 425 735 руб., за несвоевременную уплату налога на добавленную стоимость в размере 459 555 руб.; и принятия нового судебного акта по основаниям, предусмотренным частью 2 статьи 269 АПК РФ, об удовлетворении заявленных налогоплательщиком требований в данной части.

Государственная пошлина по первой и апелляционным инстанциям распределяется в соответствии со ст.110 АПК РФ, излишне уплаченная государственная пошлина по апелляционной жалобе в размере 1 000 руб. подлежит возвращению заявителю в соответствии со ст. 104 АПК РФ из федерального бюджета.

Руководствуясь статьями 104 и 110, пунктом 2 статьи 269, пунктом 3 части 1 статьи 270, статьей 271 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, апелляционный суд

ПОСТАНОВИЛ:

Решение Арбитражного суда Томской области от 09 сентября 2011 года по делу N А67-3128/2011 в обжалуемой части отменить.

Принять в указанной части новый судебный акт.

Признать недействительным решение Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы N 2 по Томской области "о привлечении к налоговой ответственности за совершение налогового правонарушения" N2 от 10.02.2011 года в части предложения уплатить недоимку: по налогу на прибыль в размере 2 379 433 руб., по налогу на добавленную стоимость в размере 2 042 013 руб., начисления пеней: за несвоевременную уплату налога на прибыль в размере 425 735 руб., за несвоевременную уплату налога на добавленную стоимость в размере 459 555 руб.

Взыскать с Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы N 2 по Томской области в пользу Общества с ограниченной ответственностью "Строительное монтажное управление - 9" 3 000 руб. судебных расходов по оплате государственной пошлины по первой и апелляционной инстанциям.

Возвратить из федерального бюджета Обществу с ограниченной ответственностью "Строительное монтажное управление - 9" 1 000 руб. излишне уплаченной государственной пошлины по апелляционной жалобе платежным поручением N 109 от 21.09.2011 года.

Постановление вступает в законную силу со дня его принятия.

Постановление может быть обжаловано в Федеральный арбитражный суд Западно-Сибирского округа.

Председательствующий

Жданова Л. И.

Судьи

Музыкантова М.Х. Скачкова О.А.