Приложение А (рекомендуемое). Последовательности генов "домашнего хозяйства" целевых видов микроорганизмов, рекомендуемые для подбора праймеров и зондов

Приложение А
(рекомендуемое)

Последовательности генов "домашнего хозяйства" целевых видов микроорганизмов, рекомендуемые для подбора праймеров и зондов

А.1 В приложении приведены прочтения генов "домашнего хозяйства", рекомендуемых для дизайна видоспецифических праймеров. Перечислены прочтения только для тех видов, для которых в базе данных* есть, референсные сиквенсы.

В случае отсутствия в международных базах данных референсных сиквенсов для иных видов микроорганизмов допускается использовать прочие (неподтвержденные) прочтения соответствующих генов.

Для подбора видоспецифических праймеров рекомендуется использовать следующие гены: ген рекомбиназы субъединица (recA), ген гиразы субъединица (gyrB).

А.1.1 Lactobacillus sakei

Референсный сиквенс - Lactobacillus sakei strain 23K complete genome, NCBI Reference Sequence: NC_007576.1. Ген recA**

TTGGCTAAAGATGAAAGACAAGCAGCACTTGATGCTGCCCTAAAGAAGATTGAAAAGAATTTTGGTAA AGGTTCAATTATGCGAATGGGTGAAAAGGTTGAТАСACAAGТСTCAAСAGTTTCATCTGGTTCATTGGCATTG GACGAAGCGCTCGGAGTAGGTGGTTATCCTCGCGGCCGGATCGTTGAAATTTACGGTCCTGAAAGTTCAGGTA AAACAACCGTTGCGTTACATGCTGTTGCAGAAGTGCAAAAGCAAGGTGGAACGGCTGCTTATATCGATGCTGA AAATGCGATGGATCCTAAGTATGCAACAGCACTTGGCGTTAAТАTTGATGAСTTAСTCTTGTCACAACCTGAT ACTGGTGAACAAGGCTTAGAAATTGСTGATGCCTTGGTATCAAGTGGGGCCGTTGATATTTTAGTTGTCGATT CAGTTGCTGCTTTGGTACCACGTGCTGAAATCGAAGGCGAAATGGGTGACGCCCACGTTGGCTTACAAGCCCG TTTGATGTCACAAGCCTTACGTAAATTATCAGGGACGATTAATAAGACGAAGACGATTGCGTTATTCATTAAC CAAATTCGTGAAAAAGTCGGCGTGATGTTTGGTAACCCCGAAGTCACACCAGGTGGTCGTGCTTTGAAGTTCТ АСTCAAСTGTTCGGCTTGAAGTGCGTCGTGCTGAAACCATCAAAAATGGGACAGATATGATTGGGAACCGGGC CCGAATCAAAGTCGTTAAGAATAAGGTTGCGCCACCATTTAAGGTCGCTGAAGTTGATATCATGTACGGTCAA GGGATTTCCAGAACCGGTGAATTGGTTGATATGGCGGTCGAAAAAGACATTATCAATAAGAGTGGTTCTTGGT ACTCTTATGGCTCAGAACGAATTGGCCAAGGGCGAGAAAATGCTAAGAACTATTTGGCTGATCACGAAGATGT CGAAGATGAAGTTCGTTTGAAGGTCAGAGCAGCTTATGGTATTTCAGATGTACCTGAAGAAGATCTCCCAACA ACTGAAGATGAACAAATAAATATTTTAССAGATGATTCAACAGAAGAATAA

,A.1.2 Lactobacillus plantarum

Референсный сиквенс - Lactobacillus plantarum WCFS1, complete genome, NCBI Reference Sequence: NC_004567.2 Ген recA**

CTATTTTTCGGTTGGTTGGTCGCCGAGATCGAGAGCAGTTTCCGCTGGTGTCGCTTTAGTGGACTTAC TTTGACCTTTACTGCCATTCTTAGCAGTTCCCTTATCCTTAGCTTCTTTGGCCTGATCATCAGTTTCAGACGT TTCTTCACCAGTTGCATCCATACCGTATGCATCACGAACCTTTTGGCGAATCTCCGTCATGACATCAGGATGC TCGTCCAAATACTTCTTGGCATTTTCACGGCCTTGACCAATGCGATCGTCACCATATGAATACCAAGAACCAC TCTTCTTAACAATATCCTTTTCAGCAGCCATATCAACAATTTCACCAGTTTGTGAGATACCTTGACCATACAT GATATCCACTTCGGCACGCTTAAATGGCGGTGCAACCTTGTTCTTAACGACTTTGATCCGGACACGGTTACCA ATAATATTGGTTCCTTCCTTGATCTGTTCTGCCCGCCGTACTTCCAAACGAATCGTGGCGTAAAATTTCAAGG CCCGACCACCAGGAGTCGTTTCAGGATTACCAAACATCACACCAACTTTTTCACGAATTTGATTGATAAATAA CGCGATTGTCTTGGTTTTGTTCAATGTCCCTGATAACTTCCGGAGCGCTTGTGACATCAGCCGCGCTTGTAAC CCAACGTGTGCGTCACCCATTTCACCTTCAATTTCGGCACGTGGCACTAAGGCCGCCACCGAGTCAACAACTA AAATATCGACCGCACCACTGGAAACTAAGGCATCTGCAATTTCAAGCCCTTGTTCACCAGTATCTGGTTGCGA AAGTAACAGGTCATCAATGTTGACCCCTAGGTGTTCCGCATAAACGGGGTCTAGTGCGTTTTCAGCATCGATA TAGGCCGCCGTACCACCCTGCTTTTGAACTTCAGCAACCGCATGTAGTGCCACGGTCGTTTTACCTGAACTTT CAGGACCGTAGATTTCCACGATCCGACCACGTGGGTAGCCGCCGACACCCAACGCGTCATCTAAGGCCAACGA TCCACTTGAAATCGTTGAAATAGTCGTCTGGGCAGCGTCACC

А.1.3 Staphylococcus carnosus

Референсный сиквенс - Staphylococcus carnosus subsp, carnosus TM300 complete genome, NCBI Reference Sequence: NC_012121.1. Ген gyrB**

TAGAAATCCAAGTTCGCATATACAGCGTTGTCTTCGATGAATTGTCTACGATTTTCAACCACATCGCC CATCAACATTTCAAATGTCGTATCCGCTTCAATCGCATCTTCTAATGTAACTTGAAGCATTGAACGGTGTTCT GGGTTCATTGTTGTTTCCCATAATTGGTCAGCATCCATTTCTCCTAAACCTTTATAACGAGAGATTGACCATT TTGGTGTTGGTTTCAATTCTGATTTTAATTTTTCCAATTCTCTTTCGTTGAAGACATAATATTTTTGTTTGCC TTGTGTCAATTTGAACAATGGCGGCTGTGCAATATAAACATATCCTGCTTCAATCAACGGGCGCATAAAGCGG TAGAAGAATGTTAACAAGAGTGTTCTGATATGGGCACCGTCGACATCGGCATCTGTCATAATAACGATTTTAT GATAACGTGCTTTAGAAATATCAAATTCTCCGCCGATTCCTGTACCGAATGCAGTAATCATTGAGCGGATTTC ATTATTATTTAAAATTCTGTCTAAGCGTGATTTTTCAACGTTCAAGATCTTACCGCGCAATGGTAAAATCGCT TGTGTTCTAGAGTCACGTCCAAGTTTTGTAGACCCTCCGGCAGAGTCACCTTCGACTAAGAAGAТТТСАСTTT CTTCAGGGTTTTTACTTGAGCAGTCTGCTAATTTACCAGGTAAGCTGGAAACTTCTAAAGCAGATTTTCTACG TGTTACTTCACGTGCTTTTTTAGCTGCAATACGTGCACGAGAAGCCATCAGACCTTTTTCGATAATAATACGT GCAACTTGCGGATGTTCATACAAGAAACGTTCCATATCTTCAGCGGAAAGTCTGTCTACAATCTGACGTACTT CAGAGTTGCCGAGTTTTGTTTTTGTTTGTCCTTCGAACTGAGGATCTTCGTGTTTGATTGAGACAATTGCTGT CATACCTTCACGTGTATCTTCACCAGACAAACGTTCTTTATCCTCTTTGATTAAACCTGATTTTGTACCATAG CTGTTTAACACACGTGTTAAGGCGCGTTTGAAGCCATCTTCATGCGTTCCGCCTTCGTAAGTGTGAATGTTAT TCGCATAAGATAATAAGTTTGTTGTGAAGCCGCTATTATATTGAATTGCGATTTCAACTTCTACATCATCTTT ACGATCATGAACATATACAGGTTCATCAAATAAAGGTTCTTTATTTTCATTCAATAATTCTACGTAAGACTTA ATACCGCCTTCATAGTGGTATGAATCTTCGCGAATATTATCTTCATCACGTTCATCACGTAAAGAGATTTGAA TGCCTTTATTCAAGAAAGСCAATTCТСTAATACGTTTTTGTAAТАСTTCGТАTTGGTAAGTCGTTGTTTCTGT AAAAATTTCAGGATCGGCTTTGAAACGGATTTCTGTACCGTTATGTTCTGTTTCGCCGATGACTTTCAAATCA TATTGCGGAATACCGCGTTTATAAGCTTGATTATAAATTTTATTATTTCGGTGAACATAGACTTCTAAGTCTT CTGATAGTGCGTTTACAACAGATGAACCTACACCATGCAATCCACCTGAAACTTTGTATCCGCCGCCGCCGAA TTTACCTCCGGCATGTAAAACAGTTAAGATAAСTTCAACTGCAGGACGTCCCATTTTTTCTTGAAТАТСAACA GGAATACCACGTCCGTTATCTGTTACTCGAATCCAATTATCTTTTTCGATAATGACTTCGATTTTATCAGCAT AGCCAGCTAATGCTTCGTCAATACTATTGTCCACAATTTCCCAAACTAAATGGTGCAGACCTCTTTCTGAAGT TGAACCAATATACATACCTGGTCGCTTACGAACCGCTTCAAGTCCTTCTAAAACTTGAATTTGTCCAGCACCA TAATTTTCCGTGTTGTTCACATCTGACAAT

A.1.4 Pediococcus pentosaceus

Референсный сиквенс - Pediococcus pentosaceus ATCC 25745, complete genome, NCBI Reference Sequence: NC_008525.11. Ген gyrB**

TTGGCAGACGAAAAAGAA