Методические рекомендации MP 3.1.2.0135-18 "Генетический мониторинг циркуляции вирусов кори и краснухи" (утв. Главным государственным санитарным врачом РФ 8 ноября 2018 г.)

Методические рекомендации MP 3.1.2.0135-18
"Генетический мониторинг циркуляции вирусов кори и краснухи"
(утв. Главным государственным санитарным врачом РФ 8 ноября 2018 г.)

I. Область применения

1.1. Настоящие методические рекомендации (далее - MP) содержат теоретические принципы и практические рекомендации по мониторингу циркуляции вирусов кори и краснухи, анализу и интерпретации полученных данных, их использованию в качестве доказательства элиминации кори и краснухи.

1.2. MP предназначены для специалистов органов и организаций Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также научных и медицинских организаций.

II. Общие положения

2.1. Глобальный стратегический план Всемирной организации здравоохранения (далее - ВОЗ) по кори и краснухе на 2012-2020 гг. предполагает достижение элиминации кори в 5 из 6 регионов ВОЗ и краснухи - в 2 регионах (Панамериканский, Европейский) [1]. В Российской Федерации реализуется программа "Элиминация кори и краснухи в Российской Федерации (2016-2020 гг.)", в соответствии с которой планируется достижение элиминации кори и краснухи к 2020 г. с последующей ее верификацией (подтверждением).

Усиление системы эпидемиологического надзора - одна из ключевых стратегий достижения элиминации кори/краснухи [2-4]. Организованный в масштабе страны индивидуальный учет больных с проведением эпидемиологического расследования, лабораторной верификацией и генетическим типированием случаев заболевания, подозрительных на корь/краснуху, позволяет обеспечить высокую достоверность данных эпидемиологического надзора.

2.2. Генетическое типирование вирусов позволяет определять эндемичные для конкретной страны генотипы, осуществлять мониторинг циркуляции вирусов на региональном и глобальном уровнях, идентифицировать импортированные случаи инфекции (генотипы вируса), определять их географическое происхождение, документировать прекращение циркуляции ранее эндемичных генотипов, демонстрируя прогресс в контроле инфекции и достижении ее элиминации, подтверждать (верифицировать) достижение и поддержание фазы элиминации [4, 5].

По критериям ВОЗ, демонстрация отсутствия циркуляции какого-либо из генетических вариантов вируса на протяжении не менее 12 месяцев при условии генотипирования не менее 80% вспышек (цепочек циркуляции) на определенной территории является необходимым для подтверждения достижения элиминации инфекций [2, 4]. Отсутствие эндемичной циркуляции вируса на протяжении не менее 36 месяцев рассматривается в качестве одного из ключевых показателей, используемых в верификации элиминации.

Генотип вирусов кори и краснухи не имеет значения с точки зрения диагностики заболеваний и лечения пациентов, не требует изменения тактики противоэпидемических мероприятий и мероприятий в очагах, по необходимости генотипирование может быть проведено ретроспективно при наличии соответствующих клинических образцов.

2.3. Верификация элиминации требует совершенствования подходов к генетическому мониторингу циркуляции вирусов кори/краснухи, интеграции эпидемиологических и лабораторных (генетических) данных.

III. Генотипирование вируса кори, методология, номенклатура генотипов, географическое распространение

3.1. Вирус кори является представителем семейства Paramyxoviridae, рода Моrbillivirus. Вирусные частицы сферической формы имеют размер 120-250 нм. Вирион состоит из свернутого во вторичную шарообразную структуру нуклеокапсида, построенного по спиральному типу симметрии и внешней липидной оболочки, имеющей происхождение из клетки хозяина.

Геном вируса представлен одноцепочечной несегментированной РНК негативной полярности длиной около 16 000 нт. Шесть неперекрывающихся структурных генов расположены линейно и кодируют 6 структурных белков: нуклеопротеин (N), фосфопротеин (Р), матриксный белок (М), фузионный белок (F), гемагглютинин (Н), полимераза ("большой" белок L) и два неструктурных белка - С и V. Геномная РНК служит матрицей для синтеза антигеномной РНК позитивной полярности, которая, в свою очередь, является матрицей для транскрипции вирусных белков и синтеза геномной РНК в процессе репликации. Несмотря на то, что вирус кори представлен единственным серо- типом, его генетическое разнообразие позволяет выделять различные генетические варианты и группировать их по происхождению и истории циркуляции, что находит свое практическое применение в мониторинге циркуляции вируса.

Для генетического типирования вируса кори используются данные сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей (рис. 1) СООН - концевого фрагмента N-гена (450 нт, 1 126-1 575 нт) и полноразмерной последовательности Н-гена (1 854 нт) [6-12]. Указанные гены являются наиболее вариабельными структурными генами вируса.

Для типирования вируса достаточно анализа СООН - концевого фрагмента N-гена, для эталонных штаммов новых генотипов необходим дополнительно анализ нуклеотидной последовательности гена Н.

3.2. Генотип - оперативная таксономическая единица, определяемая на основании различий нуклеотидных последовательностей у разных штаммов вируса. Генотип включает родственные штаммы, отличающиеся на нуклеотидном уровне от ближайшего штамма другого генотипа не менее чем на 2,5% для СООН - концевого фрагмента N-гена и 2% - для Н-гена. Некоторые генотипы характеризуются гетерогенностью, превышающей 2,5% для 450 нт N-гена [9], для других отличие последовательностей Н-гена составляет менее 2%. Отказ от выделения новых генотипов в первом случае и отнесение родственных вирусов к разным генотипам во втором обусловлены необходимостью адаптации номенклатуры генотипов к задачам мониторинга географического распространения и циркуляции вирусов кори. Современный подход в разработке номенклатуры генотипов вируса кори предполагает таким образом учет как филогенетических взаимоотношений, так и географии циркуляции разных штаммов вируса, что позволяет использовать данные типирования в эпидемиологическом надзоре за коревой инфекцией.

3.3. Номенклатура генотипов вируса кори предусматривает единый подход в наименовании штаммов как описано ниже:

- MVi - изолят вируса, полученный на культуре клеток, MVs - нуклеотидная последовательность СООН - концевого фрагмента N-гена вируса, полученная из клинического материала;

- город/регион, в котором выделен штамм;

- страна, обозначенная трехбуквенным кодом, принятым в ВОЗ;

- порядковый номер эпидемиологической недели, в которую выделен штамм (от 1 до 53), календарный год;

- порядковый номер штамма в том случае, если в течение недели выделено более 1 штамма;

- генотип, к которому относится штамм;

- в случае выделения вируса от пациентов с энцефалитом телец включения или подострым склерозирующим панэнцефалитом в наименование штамма может быть добавлено необходимое обозначение ("MIBE" или "SSPE" соответственно).

Например, изолят MVi/Moscow.RUS/51.12[D8] выделен на 51-й эпидемиологической неделе 2012 г. в Российской Федерации, г. Москве и принадлежит к генотипу D8.

3.4. Номенклатура генотипов вируса кори включает 24 генотипа, представляющих 8 филогенетических клад (групп). Для всех генотипов описаны эталонные штаммы вируса, как правило, исторически изолированные первыми либо отражающие гетерогенность штаммов генотипа, циркулирующих в последнее время. Краткая характеристика генотипов вируса кори представлена в табл. 1.

Таблица 1

Характеристика генотипов вируса кори

Клада (группа)	Генотип	Референс-штамм	Номер в GenBank	Первая изоляция генотипа/страна, регион эндемичной циркуляции	Последняя изоляция, год
1	2	3	4	5	6
А	А	MVi/Maryland.USA/0.54	U01987	США, 1954 г./Предположительно глобальное распространение в довакцинальную эру	2008
В	В1	MVi/Yaounde.CMR./12.83	U01998	Камерун, 1983 г.	1983
	В2	MVi/Libreville.GAB/0.84	U01994	Габон, 1984/Западная, Центральная Африка	2011
	В3	MVi/New York.USA/0.94	L46753	Гамбия, 1991/Западная, Центральная Африка, Российская Федерация 2017-2018	Активный
		MVi/Ibadan.NGA/0.97/1	AJ232203
С	C1	MVi/Tokyo.JPN/0.84	AY043459	Сев. Ирландия, 1956/Япония 1983-1985, Испания 1979-1981	1992
	С2	MVi/Maryland.USA/0.77	M89921	США, 1977/Западная Европа 1990-2004, Марокко 1998-2004	2004
		MVi/Erlangen.DEU/0.90	X84872
D	D1	MVi/Bristol.GBR/0.74	D01005	Великобритания, 1960/Великобритания 1960, 1969, 1974; Австралия 1973-1981, Ирландия 1983,1986	1986
	D2	MVi/Johannesburg.ZAF/0.88/1	U64582	Южная Африка 1986/Южная Африка 1986-1989, Замбия 1992, 2001-2002	2005
	D3	MVi/Illinois.USA/0.89/1	U01977	США, 1987/Япония 1987, 1997-1998, 2000-2001, Филиппины 2000-2004	2004
	D4	MVi/Montreal.CAN/0.89	U01976	Южная Африка, 1978/Южная Азия (Индия, Пакистан, Иран), Восточная Африка (Эфиопия, Кения), Южная Африка, Зимбабве Намибия, Российская Федерация 1999-2003, 2011-2013	Активный
	D5	MVi/Palau.PLW/0.93	L46758	Южная Африка, 1978/Япония 1991, 1997-2008, Таиланд 1993, 1998-2008, Камбоджа 2000-2001	2009
		MVi/Bangkok.THA/12.93/1	AF079555
	D6	MVi/New Jersey.USA/0.94/1	L46750	Великобритания, 1990/Европейский регион ВОЗ 1990-2007, Латинская Америка 1996-1998, Российская Федерация 2003-2007	2007
	D7	MVi/Victoria.AUS/16.85	AF243450	Великобритания, 1980 /Австралия 1985-1988, 2000, Великобритания 1980, 1982, 2002-2003, Германия 2000-2001. Франция, Испания 2001-2003, Ирландия 2002-2003	2007
		MVi/Illinois.USA50.99	AY037020
	D8	MVi/Manchester.GBR/30.94	AF280803	Великобритания 1994/Индия, Непал, Российская Федерация 2013-2018	Активный
	D9	MVi/Victoria.AUS/12.99	AF481485	Австралия 1999/Индонезия, Малайзия, Таиланд 2008-2013	Активный
	D10	MVi/Kampala.UGA/51.00/1	AY923185	Уганда, 2000/Уганда	2005
	D11	MVi/Menglian.Yunnan.CHN/47.09	GU440571	Австралия 2001/Мьянма (предположительно)	2010
Е	Е	MVi/Goettingen.DEU/0.71	X84879	США, 1970/Нет данных	1987
F	F	MVs/Madrid.ESP/0.94 [SSPE]	X84865	Испания, 1970/Нет данных	1994
G	G1	MVi/Berkeley.USA/0.83	U01974	США, 1983/Нет данных	1983
	G2	MVi/Amsterdam.NLD/49.97	AF171232	Нидерланды 1997/Индонезия, Малайзия	2004
	G3	MVi/Gresik.IDN/18.02	AY184217	Австралия, 1999/Восточный Тимор, Индонезия	Активный
H	H1	MVi/Hunan.CHN/0.93/7	AF045212	Тайвань, 1992/Китай	Активный
	Н2	MVi/Beijing.CHN/0.94/1	AF045217	Китай 1994/Вьетнам	2003
Примечания: 1. Вымершие ("инактивированные") генотипы выделены в таблице курсивом. 2. Под обозначением "активный" в таблице подразумевается циркулирующий в настоящее время генотип вируса. 3. Жирным шрифтом с подчеркиванием в таблице выделены данные по эндемичной циркуляции генотипов в Российской Федерации

Часть генотипов не изолировалась на протяжении более 10 лет и считаются вымершими ("инактивированными"). По данным мониторинга, в период с августа 2017 г. по июль 2018 г. в мире циркулировали генотипы D8, В3, H1, D9, D4 (рис. 2).

В последние годы наблюдается глобализация циркуляции некоторых генотипов вируса кори (В3, D8), что обусловлено миграцией населения в мировом масштабе, ростом пассажиропотока международных перевозок, в первую очередь авиационных, расширением географии туризма и международной торговли, участием граждан разных стран в спортивных, культурных и политических мероприятиях.

В этой связи для описания разнообразия генетических вариантов вируса в пределах генотипа в номенклатуру было включено понятие "наименованный штамм" ("named strain") [12, 13].

Наименованный штамм представляет собой репрезентативный вариант вируса кори для группы штаммов с идентичными нуклеотидными последовательностями 450 нт N-гена (допускается наличие не более одной нуклеотидной замены), характеризующихся продолжительной (не менее 2 лет) циркуляцией и относительно широкой географией распространения (как минимум несколько стран). Такая группа штаммов определяется как уникальная генетическая линия, отличающаяся от других линий в пределах генотипа. Описанный подход позволяет осуществлять мониторинг не только генотипов вируса, но и генетических вариантов в пределах одного генотипа.

3.5. Все вакцинные штаммы вируса кори принадлежат к генотипу А [14-16]. Прототипные "дикие" штаммы соответствующих вакцинных штаммов были независимо изолированы в середине прошлого века в нескольких странах (США, Советский Союз, Китай, Япония), что позволило ряду исследователей предположить широкое географическое распространение генотипа А в довакцинальную эру. Однако после широкого внедрения программ вакцинации штаммы генотипа А очень редко изолировались в мире, не описано ни одной вспышки кори, связанной с их циркуляцией. Эпизодическое обнаружение штаммов генотипа А связано с выделением вируса из клинических образцов недавно привитых коревой вакциной пациентов либо обусловлено лабораторной контаминацией. "Дикие" штаммы генотипа А в мире в настоящее время не циркулируют.

3.6. Антигенные различия между штаммами вируса кори - представителями разных генотипов минимальны, все известные генотипы вируса принадлежат к одному серотипу [14, 16]. Коревые вакцины, производящиеся с использованием вакцинных штаммов генотипа А, эффективны в отношении всех известных генотипов (генетических вариантов) вируса, их применение в вакцинопрофилактике позволяет добиваться устойчивого контроля кори и ее элиминации.

3.7. ВОЗ в сотрудничестве со специалистами Агентства защиты здоровья (Лондон, Великобритания) была создана специализированная международная база генетических данных вируса кори MeaNS [13, 17]. База данных предоставляет пользователям наиболее полную информацию по генотипам вируса кори, циркулировавшим в мире с момента изоляции первых штаммов, возможность типирования, филогенетического анализа, поиска идентичных/родственных штаммов, анализа (в том числе ретроспективного) данных генетического мониторинга по странам и регионам ВОЗ, а также эпидемиологические данные, демонстрирующие импортирование/экспортирование генетических вариантов вируса в глобальном масштабе.

IV. Генотипирование вируса краснухи, методология, номенклатура генотипов, географическое распространение

4.1. Вирус краснухи является членом семейства Togaviridae и единственным представителем рода Rubivirus. Вирион содержит РНК, окруженную капсидом и липопротеидной оболочкой. Капсид образован капсидным белком (С), липопротеидная оболочка содержит два гликопротеина - Е1 и Е2. Геном вируса представлен одноцепочечной РНК позитивной полярности протяженностью 9 700 нт и помимо структурных белков (С, Е1 и Е2) кодирует два неструктурных белка Р150 и Р90. Как и вирус кори, вирус краснухи серологически монотипичен, однако его генетическое разнообразие позволяет выделять генетические генотипы и варианты.

С 2004 года действует утвержденный ВОЗ протокол генотипирования диких штаммов вируса краснухи [18]. Для рутинного молекулярно-генетического анализа используется "окно секвенирования", включающее 739 нуклеотидов (8 731-9 469 нт) гена, кодирующего белок Е1 (рис. 3).

4.2. Номенклатура генотипов вируса краснухи предусматривает единый подход в наименовании штаммов как описано ниже [18, 19]:

- RVi - изолят вируса, полученный на культуре клеток, RVs - нуклеотидная последовательность 739 нуклеотидов гена вируса Е1, полученная из клинического материала;

- город/регион, в котором выделен штамм;

- страна, обозначенная трехбуквенным кодом, принятым в ВОЗ;

- порядковый номер эпидемиологической недели, в которую выделен штамм (от 1 до 53), календарный год;

- порядковый номер штамма в том случае, если в течение недели выделено более 1 штамма;

- генотип, к которому относится штамм;

- в случае выделения вируса от пациентов с синдромом врожденной краснухи (далее - СВК) в название штамма добавляется обозначение "CRS".

Например, изолят RVi/Ryazan.RUS/09.08[lH] выделен на 9-й эпидемиологической неделе 2008 г. в Российской Федерации, г. Рязани, принадлежит к генотипу 1Н.

4.3. Номенклатура генотипов вируса краснухи включает 2 группы (1-го и 2-го, 10-го и 3-го генотипа соответственно), всего описано 13 генотипов вируса [18, 19]. Для всех генотипов описаны эталонные штаммы, как правило, исторически изолированные первыми. Краткая характеристика генотипов вируса краснухи представлена в табл. 2. Некоторые генотипы не изолировались достаточно давно и считаются вымершими.

Таблица 2

Характеристика генотипов вируса краснухи

Генотип	Референс-штаммы	Номер последовательности в GenBank	Первая изоляция генотипа/Исторически длительная циркуляция (более 12 мес.)	Длительная циркуляция (более 12 мес.) в 2014-2016 гг.
1	2	3	4	5
1а	RVi/Brussel.BEL/0.63/(VAC)	AF188704	США, 1961 г./1961-1999 гг. - США, Бразилия, Великобритания, Бельгия; 2000 г. - Монголия (6 мес.)	С 2000 г. штаммы генотипа не изолировались
	RVi/New Jersey.USA/0.61/(VAC)	M30776
	RVi/Pennsylvania.USA/0.64/(VAC)	JF727653
	RVi/Toyama.JPN/0.67/	AB047330
1B	RVi/Tiberias.ISR/0.88/	AY968209	Япония, 1967 г./1967-2001 гг. Япония, Чехия, Великобритания, Италия, США. С 2002 г. по 2008 г. - ЮАР и Конго	С 2008 г. штаммы генотипа не изолировались
	RVi/Bene Berak.ISR/0.79/	AY968208
1С	RVi/California.USA/0.91/	AY968212	США, 1986 г./1986-2000 гг. - США, Панама, Эквадор, Гондурас. С 2002 г. по 2005 г. - Перу, Чили	С 2005 г. штаммы генотипа не изолировались
	RVi/Panama City.PAN/0.99/	AY968217
1D	RVi/Tokyo.JPN/0.90/	AY968214	Япония, 1976 г./С 1987 г. по 1995 г. - Япония; США (1987 г.), Новая Зеландия (1991 г.), Корея (1996 г.), Австралия (1999 г.)	С 1999 г. штаммы генотипа не изолировались (признан вымершим)
	RVi/Saitama.JPN/0.94/	AY968216
1E	RVi/Shandong.CHN/0.02/	AY968210	Франция, 1995 г./Франция (1997-2005 гг.), Германия (2000-2001 гг.), Беларусь (2004-2006 гг.). Российская Федерация (2005-2008 гг., 2010-2012, 2014 г.) Япония (2011-2012 гг.), Монголия (2012-2013 гг.)	Австралия (2012-2016 гг.), Китай (2006-2016 гг.)
	RVi/Kuala Lumpur.MYS/0.01/	AY968221
1F	RVi/Shandong.CHN/0.00/	AY968213	Китай, 1999 г./Китай (1999-2002 гг.)	С 2002 г. штаммы генотипа не изолировались (признан вымершим)
	RVi/Anhui.CHN/0.00/	AY968215
1G	RViKampala.UGA/20.01/	EF588978	Великобритания,1999 г./Италия (1993-1995 гг.), Беларусь (2004-2005 гг.), Кот-д'Ивуар (2008 г.), Великобритания (1993 г., 2005 г. - импортированный из Российской Федерации), Германия (1995 г., 2005 г.), Франция (1998 г.), Эфиопия (2004 г.), Судан (2005 г.), США (2005 г. - импортированный из Кот-д'Ивуара), Канада (2005 г. - импортированный из Голландии), Российская Федерация (2006, 2008 г.)	Нет (в 2016 г. эпизодически выделялся в Италии, США)
	RVi/Ontario.CAN/27.05/	EF588970
	RVi/Kimasi/GHA/0.05/
1H	RVi/Minsk.BLR/28.05/2	AM258953	Италия, 1991 г./Франция (1995 г.), Турция (2001 г.), Российская Федерация (2004-2010 гг., 2017 г.) Беларусь (2005 г.), Казахстан (2008-2009 гг.)	Нет данных, эпизодически Турция (2016 г.), Российская Федерация (2017 г.- 1 штамм)
	RVi/Ryazan.RUS/09.08	HG326276
1I	RVi/Milan.ITA/46.92/	AY161360	Великобритания, 1986 г./Италия (1991-1992 гг.)	С 1994 г. штаммы генотипа не изолировались (признан вымершим)
	RVi/London.GBR/0.86/	AF039122
1J	RVi/Kagoshima.JPN/22.04/	AB285129	Япония, 1997 г./Япония (2002-2004 гг.), Испания (2005 г.), Бразилия (2005 г.). Япония и Китай (2010 г., импортированный из Филиппин)	Нет (в 2014-2015 гг. эпизодически выделялся в США и Канаде - импортированный из Филиппин)
	RVi/Miyazaki.JPN/10.01/	AB285130
2A	RVi/Beijing.CHN/0.79/	AY258322	Китай, 1979 г.	С 1980 г. дикие штаммы генотипа не выделялись
	RVi/Beijing.CHN/0.80/ VAC	AY258323
2B	RVi/TelAviv.ISR/0.68/	AY968219	Израиль, 1968 г./Бразилия (2006-2008 гг.), Румыния (2011-2012 гг.), Франция	Таиланд (2011-2015 гг.), Япония (2011-2016 гг.),
	RVi/Washington.USA/16.00/	AY968220
	RVi/Anhui.CHN/0.00/2	AY968218	(2012 г.), Российская Федерация (2009-2016 гг., эпизодическая изоляция, повторное импортирование вируса)	Малайзия (2014 г.), Китай (2014-2016 гг.), Индия (2015-2016 гг.)
2С	RVi/Moscow.RUS/0.67/	DQ388279	Впервые выделен в Российской Федерации в 1967 г.	Нет (в группу входят только эталонные штаммы генотипа)
	RVi/Moscow.RUS/0.97/	DQ085340
Примечание. Жирным шрифтом с подчеркиванием в таблице выделены данные по изоляции генотипов в Российской Федерации

4.4. Почти все вакцинные штаммы относятся к генотипу 1А. Так как данный генотип включает также ряд диких штаммов и является гетерогенным, он имеет статус "предварительного", в будущем возможен пересмотр его статуса по мере накопления данных.

4.5. Особенности биологии вируса, трудности его изоляции на культуре клеток и типирования, небольшое число стран, в которых осуществляется генетический мониторинг циркуляции вируса, обусловливают ограниченность данных по генотипам вируса краснухи, циркулирующим в мире. Так, в 2015 г. из 106 стран - членов ВОЗ, регистрировавших случаи краснухи, только 11 предоставили информацию о генотипах циркулирующих вирусов [20]. Таким образом, доступные данные не отражают в полной мере генетическое разнообразие и географию циркуляции вируса краснухи.

Данные мониторинга глобальной циркуляции вируса в период 2010-2015 гг. демонстрируют активную циркуляцию 5 генотипов (рис. 4). Наиболее часто изолировались штаммы генотипа 2В, представленные двумя основными группами вируса африканского либо азиатского происхождения. Генотип 2В в настоящее время характеризуется глобальным распространением. Вторым по частоте изоляции является генотип IE, эндемичный для Китая.

4.6. Вирус краснухи представлен единственным серотипом, краснушные вакцины вне зависимости от генотипа вакцинного штамма эффективны в отношении всех описанных на сегодняшний день генетических вариантов вируса краснухи "дикого" типа.

4.7. ВОЗ в сотрудничестве со специалистами Агентства защиты здоровья (Лондон, Великобритания) была создана специализированная международная база генетических данных вируса краснухи RubeNS* (далее - база данных RubeNS) [12, 13, 19]. База данных предоставляет пользователям наиболее полную информацию по генотипам вируса краснухи, возможность типирования, филогенетического анализа, поиска идентичных/родственных штаммов, анализа (в том числе ретроспективного) данных генетического мониторинга по странам и регионам ВОЗ, а также эпидемиологические данные, демонстрирующие импортирование/экспортирование генетических вариантов вируса в глобальном масштабе.

V. Организация работ по генотипированию вирусов

5.1. Сбор клинических образцов для генотипирования осуществляется специалистами медицинских организаций, выявившими случай кори/краснухи. Образцы собираются в максимально ранние сроки от начала заболевания.

5.2. Порядок сбора, подготовки, хранения и транспортирования клинических образцов изложен в прилож. 1 к MP.

5.3. Полнота и достоверность исследования обеспечивается сбором клинических образцов от достаточного количества случаев инфекции. Выбор случаев заболевания, подлежащих генотипированию, проводится таким образом, чтобы обеспечить возможность генотипирования не менее 80% вспышек (цепочек передачи) инфекции, а также всех импортированных и завозных случаев.

При вспышечной заболеваемости нецелесообразно осуществлять сбор клинических образцов для исследования от всех случаев инфекции, ассоциированных с конкретной вспышкой. Необходимо организовать сбор клинических образцов от первых 5-10 случаев при каждой вспышке, всего не более 10 случаев от вспышки на протяжении 1 месяца.

При продолжительности вспышки более 1 месяца рекомендуется осуществлять сбор образцов не чаще 1 раза в месяц от 2-3 последних зарегистрированных случаев.

Генотипированию подлежат 100% импортированных случаев (при невозможности сбора клинических образцов в регламентируемые сроки от импортированного случая образцы должны быть собраны от нескольких случаев, связанных с импортированным).

Генотипированию подлежат 100% завозных (из других субъектов Российской Федерации) случаев (при невозможности сбора клинических образцов в регламентируемые сроки от завозного случая образцы должны быть собраны от нескольких случаев, связанных с завозным).

При регистрации единичных случаев заболевания ("спорадическая" заболеваемость, менее 1 случая/млн населения) генетическому типированию подлежат 100% зарегистрированных случаев.

5.4. При импортировании коревой/краснушной инфекции может наблюдаться социркуляция нескольких генетических вариантов вируса. Для дифференцирования вспышек, регистрируемых в одно и то же время на одной территории, но вызванных разными генетическими вариантами вирусов, целесообразно генотипировать дополнительно случаи инфекции (группы связанных случаев), для которых не установлена эпидемиологическая связь с ранее генотипированными.

VI. Использование результатов генотипирования вирусов кори и краснухи в эпидемиологическом расследовании

6.1. Использование данных генотипирования вирусов кори и краснухи на практике позволяет ретроспективно уточнить результаты эпидемиологического расследования случая кори/краснухи и откорректировать эпидемиологические связи в цепочках вторичного распространения инфекции.

6.2. На основании эпидемиологического расследования осуществляется окончательная классификация случая: "местный", "завозной" с другой территории Российской Федерации, "импортированный" (завозной с территории другого государства), "связанный с завозным/импортированным" случаем.

6.3. На первом этапе эпидемиологического расследования необходимо определить степень распространения инфекции и классифицировать случай кори/краснухи. Вспышкой считается 5 и более случаев, во время вспышки могут формироваться разные по интенсивности очаги (например, по месту работы, учебы, месту жительства), цепочки и единичные с неустановленными эпидемиологическими связями случаи.

При анализе принято выделять случаи, связанные цепочкой передачи инфекции от импортированного/завозного случая. Нередко цепочка ограничивается первым поколением воспроизводства инфекции (случаи заболевания в результате контакта с больным, прибывшим с территории другого государства или другого субъекта Российской Федерации). Эти случаи классифицируются как "связанные с импортированным/завозным". Все последующие вторичные случаи заражения от случая, связанного с завозным, расцениваются как "местные".

Необходимо учитывать, что географическое происхождение генотипов вирусов кори/краснухи не всегда совпадает со страной импортирования и не дает основания классифицировать случай как импортированный. В случаях выявления генотипа/подтипа, ранее на территории страны не встречавшегося, необходимо изменить классификацию "местный" на "связанный с импортированным". При этом следует помнить, что результаты генотипирования вирусов кори/краснухи не влияют на тактику лечения пациентов, сроки и объём проводимых противоэпидемических мероприятий.

Нередко при импортировании коревой/краснушной инфекции может наблюдаться социркуляция нескольких генетических вариантов вирусов. Для дифференцирования эпидемиологических связей между случаями, регистрируемыми в одно и то же время на одной территории, но вызванными разными генетическими вариантами вируса, целесообразно генотипировать дополнительно случаи инфекции (группы связанных случаев), для которых не установлена эпидемиологическая связь с ранее генотипированными случаями.

Напротив, выявление одного и того же генотипа и подтипа вируса у единичных случаев кори/краснухи при условии, что цепочка передачи инфекции ограничена одним инкубационным периодом, позволяет объединить эти случаи в одну вспышку (цепочку).

Примеры:

1) на территории первого административного уровня зарегистрированы случаи кори: в городе - 5 случаев (вспышка), в селе Б - 4 случая (групповая заболеваемость), а также 6 единичных, не связанных между собой, случаев кори в селе А. Интервал регистрации даты сыпи у заболевших в городе, в селе А и в селе Б составил 7-18 дней, т.е. не превышал инкубационный период (21 день). Источник инфекции и предполагаемое место заражения первого заболевшего установить не удалось.

До получения результатов генотипирования при эпидемиологическом расследовании установлено формирование двух очагов кори - в городе и селе Б, а также 6 очагов в селе А. Выделение одного и того же генотипа и подтипа (например, D4 Manchester) вируса на разных этапах регистрации случаев кори при учете возможного наличия пропущенных случаев позволили объединить все случаи в одну вспышку с 15 заболевшими.

Выявление разных генотипов или подтипов вируса кори/краснухи в пределах одной территории любого административного уровня позволяет откорректировать установленные эпидемиологические связи и количество сформированных очагов.

2) на основании оперативного эпидемиологического расследования были установлены эпидемиологические связи с предполагаемым источником или местом заражения, что давало основание предположить о наличии вспышки кори с 8 заболеваниями. Источник инфицирования у первого заболевшего установить не удалось. Во время вспышки были зарегистрированы: семейный очаг с 2 случаями, очаг с вторичным распространением по месту учебы и по месту работы. Ретроспективный анализ с учетом данных молекулярно-генетического титрования (выявление на разных сроках распространения инфекции у двух пациентов генотипа D4 и у двух - генотипа D8) дал основание разделить вспышку на два очага по 4 заболевших (групповая заболеваемость), обусловленных социркуляцией двух генотипов (D4 и D8) на одной территории.

6.4. Генотипирование штаммов вируса кори/краснухи необходимо в случае, когда при вакцинации по эпидемическим показаниям контактных в очагах инфекции выявляются среди привитых лица с клинической симптоматикой кори/краснухи, что требует дифференцирования инфекции и поствакцинальной реакции. Указанные случаи должны регистрироваться как случаи кори/краснухи, отмена диагноза допускается только в случае выявления в клинических образцах пациентов вакцинных штаммов вируса кори (генотип А) или вируса краснухи (генотип 1А) соответственно.

6.5. Анализ заболеваемости, проведенный по неделям/месяцам года и циркулирующим генетическим вариантам вируса кори/краснухи в масштабах страны позволяет определить продолжительность циркуляции каждого генетического варианта вируса, а также выявить факт прерывания их циркуляции, подтверждая достижение элиминации инфекции.

Пример: анализ циркулирующих генотипов вируса кори/краснухи по месяцам или по неделям календарного года в каком-либо регионе может проводиться в разрезе территорий более мелкого административного уровня (табл. 3). При этом необходимо выделять импортированные случаи. В упрощённом примере анализа рассмотрены только случаи, классифицированные как "местные" и "импортированные".

Представленные данные свидетельствуют о непрерывной циркуляции генотипа D6 в течение года (интервал между случаями, охарактеризованными генотипированием, не превышал 21 день) на территории одного из субъектов Российской Федерации, что позволяет говорить об эндемичной передаче вируса кори.

Таблица 3

Пример анализа циркуляции генотипов вируса кори по месяцам и территориям субрегионального уровня

Территории

Месяц года, генотип вируса

I

II

III

IV

V

VI

VII

VIII

IX

X

XI

XII

Район А

G3

D6

D6

D6

Район Б

D6

D4

Город В

H1

D6

Район Г

D6

D6

D6

Район Д

D6

D6

D6

D6

D8

Генотипы, местные случаи

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

D6

Генотипы, импортированные случаи /страна

G3/ Малайзия

H1/ Китай

D4/ Бирма

D8/ Индия

6.6. Регистрация на определенной географической территории, на которой ранее была достигнута элиминация инфекции, непрерывной, по данным эпидемиологического расследования и лабораторным данным, передачи вирусов кори/краснухи в течение 12 месяцев и более свидетельствует о возобновлении их эндемичной циркуляции.

______________________________

* www.who-rubella.org - международная база генетических данных вируса краснухи RubeNS.

Нормативные и методические документы

1. Федеральный закон от 30.03.1999 N 52-ФЗ "О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения".

2. СП 3.1/3.2.3146-13 "Общие требования по профилактике инфекционных и паразитарных болезней".

3. СП 3.1.2952-11 "Профилактика кори, краснухи и эпидемического паротита".

4. Приказ Минздрава России N 117 от 21.03.2003 "О реализации "Программы ликвидации кори в Российской Федерации к 2010 году".

5. МУ 3.1.2.1177-02 "Эпидемиологический надзор за корью, краснухой и эпидемическим паротитом".

6. МУ 3.1.2.2356-08 "Эпидемиологический надзор за врожденной краснухой".

7. Программа "Элиминация кори и краснухи в Российской Федерации (2016-2020 гг.)", утвержденная Роспотребнадзором 28.12.2015; Минздравом России 31.12.2015.

Библиографические данные

1. Global measles and rubella strategic plan 2012-2020/World Health Organization, Geneva, Switzerland, 2012. 44 p.

2. Руководство по эпидемиологическому надзору за корью, краснухой и синдромом врожденной краснухи в Европейском регионе ВОЗ. Обновленное издание, 2012 г./Всемирная организация здравоохранения, Европейское региональное бюро ВОЗ, Копенгаген, Дания, 2012 г. 82 с.

3. Руководство по расследованию вспышек кори и краснухи и осуществлению ответных мер в Европейском регионе/Всемирная организация здравоохранения, Европейское региональное бюро ВОЗ, Копенгаген, Дания, 2013 г. 43 с.

4. Элиминация кори и краснухи. Основы процесса верификации в Европейском регионе ВОЗ, 2014/Всемирная организация здравоохранения, Женева, Швейцария, 2014 г. 36 с.

5. Rota Р.А. Measles. Pathogenesis and control. Chapter 7, Molecular Epidemiology of Measles Virus/P.A. Rota, D.A. Featherstone, W.J. Bellini//Curr Top Microbiol Immunol. 2009. N 330:1. P. 129-150.

6. Standardization of the nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses//Wkly Epidemiol Rec. 1998. N 73. P. 265-269.

7. Nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses (update)//Wkly Epidemiol Rec. 2001. N 32. Р. 241-248.

8. Nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses (update) - Part II//Wkly Epidemiol Rec. 2001. N 33. P. 249-256.

9. Update of the nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses: new genotypes and reference strains//Wkly Epidemiol Rec. 2003. V. 78. N 27. P. 229-240.

10. New genotype of measles virus and update on global distribution of measles genotypes//Wkly Epidemiol Rec. 2005. V. 80. N 40. P. 347-350.

11. Global distribution of measles and rubella genotypes - update//Wkly Epidemiol Rec. 2006. V. 81. N 51/52. P. 474-479.

12. Measles virus nomenclature update: 2012//Wkly Epidemiol Rec. 2012. V. 87. N 9. P. 73-80.

13. Genetic diversity of wild type measles viruses and the global measles nucleotide surveillance database (MeaNS)//Wkly Epidemiol Rec. 2015. N 24; 90(30). P. 373-380.

14. Griffin D.E. Fields Virology. Chapter 44, Measles Virus/D.E. Griffin, D.M. Knipe, P.M. Howly (Eds.). Fifth edition. Philadelphia: Lippincott Williams & Wilkins, 2007.3177 р.

15. Bankamp B. Genetic Characterization of Measles Vaccine Strains/B. Bankamp, M. Takeda, Y. Zhang et al.//J Infect Dis. 2011. N 204 (suppl 1). P. 8533-8548.

16. Rota P.A., Measles. Pathogenesis and control. Chapter 7, Molecular Epidemiology of Measles Virus/P.A. Rota, D.A. Featherstone, W.J. Bellini//Curr Top Microbiol Immunol. 2009. N 330:1. P. 129-150.

17. MeaNS. Nucleotide database for the WHO Measles Laboratory Network [Electronic resource]//Public Health England. - Available at: http://www.who-measles.org/Public/Web_Front/main.php.

18. Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wild-type rubella viruses//Wkly Epidemiol. Rec. 2005. N 14. P. 126-132.

19. Rubella virus nomenclature update: 2013//Wkly Epidemiol. Rec. 2013. N 32. P. 337-348.

20. Global measles and rubella laboratory network support for elimination goals, 2010-2015//Wkly Epidemiol. Rec. 2016. N 48. P. 240-246.

Руководитель Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главный государственный санитарный врач Российской Федерации

А.Ю. Попова